Lathrop ha frequentato il Vassar College, laureandosi nel 1880. Nei successivi 10 anni ha lavorato nello studio legale di suo padre e si è interessata a vari movimenti di riforma. Nel 1890 si trasferì a Chicago e si unì a Jane Addams al nuovo insediamento di Hull House. Nel luglio 1893, alla nomina del governatore John P. Altgeld, prese posto nel Consiglio di beneficenza dell’Illinois. Fu la sua prima occasione per intraprendere quel tipo di lavoro arduo, dettagliato e appassionatamente dedicato che sarebbe venuto a caratterizzare la sua carriera. Lathrop iniziò immediatamente un’ispezione personale di tutti i 102 ospizi e fattorie della contea nello stato. Interruppe quel lavoro durante l’inverno del 1893-94 per fare un’ispezione delle istituzioni di beneficenza della contea nella contea di Cook. Le sue aspre descrizioni dell’infermeria della contea di Cook, dell’asilo e di altre istituzioni furono stampate come capitolo in Hull-House Maps and Papers (1895). Lathrop è stato particolarmente disturbato dal trattamento dei malati di mente, che sono stati spesso gettati in con i malati fisici, senza alcuna disposizione per separare il giovane e il vecchio. Dal momento delle sue ispezioni fu una forte sostenitrice della cura extramurale per i pazienti mentali, e più tardi, nel 1909, divenne membro fondatore del Comitato nazionale per l’igiene mentale di Clifford W. Beers. Nel 1901 si dimise dal Consiglio di beneficenza dell’Illinois in segno di protesta contro la bassa qualità del personale della maggior parte delle istituzioni sotto la sua competenza. Ha servito di nuovo nel consiglio dal 1905 fino a quando il suo piano per la sua riorganizzazione è stato adottato nel 1909.
L’interesse di Lathrop nel problema della ricerca di personale addestrato per il personale delle istituzioni pubbliche la portò a unirsi a Graham Taylor nell’organizzazione del Chicago Institute of Social Science nel 1903-04. Insegnò regolarmente alla scuola, che in breve tempo fu ribattezzata Chicago School of Civics and Philanthropy, e nel 1907, assistita da Sophonisba Breckinridge, fondò il suo dipartimento di ricerca e servì per un anno come direttore. Continuò come fiduciaria della scuola fino a quando divenne la School of Social Service Administration dell’Università di Chicago nel 1920. Fu attiva anche in altri campi: nel 1899 si unì a Lucy Flower nella campagna che assicurò la creazione nella contea di Cook del primo sistema giudiziario minorile al mondo. Nel 1908 si unì a Breckinridge e Grace Abbott per formare la Lega Protettiva degli immigrati.
Nel 1912 il presidente William Howard Taft nominò Lathrop a capo del neonato U. S. Children’s Bureau del Dipartimento del Commercio e del Lavoro. Fu la prima donna a dirigere un ufficio federale statutario su nomina del presidente con il consenso del Senato. Con un budget e uno staff limitati, ha intrapreso uno studio sulla mortalità infantile e ha sviluppato un piano per la registrazione uniforme delle nascite. Gli studi successivi dell’ufficio si sono incentrati sul lavoro minorile, le pensioni delle madri, l’illegittimità, la delinquenza giovanile, l’alimentazione e il trattamento dei ritardati mentali. Dopo il passaggio del Keating-Owen Child Labor Act nel 1916, una divisione del lavoro minorile è stato creato all’interno del bureau per far rispettare, e Lathrop ha portato il suo vecchio socio Abbott a dirigere la divisione. (La legge fu dichiarata incostituzionale nel 1918, così come una seconda legge del 1919 nel 1922.) Durante la prima guerra mondiale l’ufficio ha assunto ulteriori responsabilità per i figli dei militari e delle madri lavoratrici e altre questioni. Durante 1918-19 Lathrop è stato anche presidente della Conferenza nazionale del lavoro sociale.
Lathrop ha anche fatto una dura campagna per lo Sheppard-Towner Act, offrendo fondi federali agli stati per programmi di maternità e assistenza infantile, che è stato approvato poco dopo le sue dimissioni per motivi di salute nel 1921. (Le successe Abbott. Dal 1922 visse a Rockford, Illinois. Nello stesso anno è stata eletta presidente della Lega delle donne elettori Illinois, e nello stesso anno è stata nominata ad una commissione presidenziale indagare le condizioni presso la stazione di immigrazione a Ellis Island, New York. Ha contribuito articoli a vari periodici e un capitolo per Il bambino, la clinica, e la Corte (1925). Dal 1925 al 1931 fu assessore per il Comitato per il benessere dei bambini della Società delle Nazioni.
