Nel secondo millennio AC, i territori tra i fiumi Kama e Irtysh erano la casa di una popolazione di lingua proto-uralica che aveva contatti con i parlanti proto-indoeuropei del sud. Gli abitanti delle aree erano di stirpe europide, ma i Khanty sono prevalentemente Uraloidi. La popolazione del bosco è l’antenato dei moderni abitanti ugriani della Trans-Uralia. Alcuni considerano gli antenati dei Khanty come la cultura preistorica della lavorazione dei metalli di Andronovo. Altri ricercatori dicono che il popolo Khanty ha avuto origine nella steppa degli Urali meridionali e si è trasferito verso nord nella loro posizione attuale circa 500 DC.
Khanty probabilmente appare nei registri russi sotto il nome di Yugra (ca. 11 ° secolo), quando avevano contatti con cacciatori e mercanti russi. Il nome deriva dalla lingua komi-zyriana jögra (‘Khanty’). È anche possibile che siano stati registrati per la prima volta dal re inglese Alfredo il Grande (ca. 9 ° secolo), che ha localizzato Fenland (zona umida) ad est del Mar Bianco nella Siberia occidentale. Il vecchio nome russo Ostyak deriva da Khanty as-kho ‘persona dal fiume Ob (as),’ con-yak dopo altri termini etnici come Permyak.
Alcuni principati Khanty furono parzialmente inclusi nel Khanato della Siberia dal 1440 al 1570.
Nell’xi secolo, Yugra era in realtà un termine per numerose tribù, ognuna con il proprio centro e il proprio capo. Ogni tribù aveva due fratrie esogamiche, chiamate mon’t ‘ e por, e tutti i membri erano considerati parenti di sangue. Questa struttura fu in seguito sostituita da clan, dove ogni capo clan (knyazets) negoziava con il regno russo. Hanno anche partecipato a campagne russe e hanno ricevuto il diritto di raccogliere yasaq (tributo) da due Khanty volosts (distretti) rispettivamente. Quando questa struttura non era più necessaria, la Russia li privò dei loro privilegi.
Tra il xvii e il xix secolo, ci furono tentativi di introdurre il cristianesimo, ma lo stile di vita Khanty non subì cambiamenti reali. Nella seconda metà del 19 ° secolo, hanno gradualmente accettato la legge statale.
Durante il periodo sovietico i Khanty erano una delle poche minoranze indigene della Siberia ad avere un’autonomia sotto forma di okrug (distretto autonomo). L’istituzione dell’autonomia ha svolto un ruolo considerevole nel consolidamento dell’ethnos (i Khant occidentali chiamavano i loro vicini orientali Kantõk ). Tuttavia, nel 1930 gli sforzi concertati sono stati fatti dallo stato sovietico per collettivizzarli. Le fasi iniziali di ciò significarono l’esecuzione dei capi tribali, che furono etichettati come “kulak”, seguiti dall’esecuzione degli sciamani. Il rapimento da parte dello stato dei bambini che furono inviati in collegi di lingua russa provocò una rivolta nazionale nel 1933 chiamata ribellione di Kazym.
Dopo la fine del periodo Stalin questo processo è stato rilassato e gli sforzi sono stati intensificati negli anni 1980 e 1990 per proteggere il loro territorio comune dall’espansione industriale di vari ministeri e agenzie. L’autonomia ha anche svolto un ruolo importante nel preservare la cultura e la lingua tradizionali.
