Khizr Khoja prese il trono di Moghulistan dopo la sconfitta di Qamar-ud-din Khan Dughlat da Timur nel 1390.
Tarikh-i-Rashidi di Mirza Muhammad Haidar Dughlat dice che il figlio più giovane di Tughluk Timur Khán era Khizir Khwája Khán, e che mentre era ancora al seno di sua madre, fu salvato dalla crudeltà e dall’inimicizia di Kamaruddin da Mir Ághá, la madre di Amir Khudáidád. Quando il bambino raggiunse i dodici anni, i suoi amici, ancora temendo Amir Kamaruddin, lo portarono da Káshghar.
Amir Khudáidád voleva mandare con sé alcuni uomini fidati, ma Mir Ághá si oppose a questo piano, dicendo: “Non mandare nessuno dei tuoi servi, perché quando il ragazzo diventerà Khán, i nati di base diventeranno influenti, e allora si dimostreranno nemici a te stesso e ai tuoi figli. Penseranno che la gente non li rispetta abbastanza, ma dice tra di loro: “Questi sono solo servi.’Per questo motivo piuttosto inviare altri che i propri fermi-inviare estranei.”Così furono mandati dodici uomini, e alla fine ognuno divenne un Amir. Molti dei loro discendenti sono vivi ora. Tra loro c’era Arjirák, da cui discendono gli Amir di Itárji; Tájri di Khwárizm, da cui sono nati gli Amir di Kunji; mentre un altro era della tribù di Chálish Siádi ; e anche i suoi figli divennero Amir, con lo stile di Kushji, ma sono anche chiamati Kukildásh.
Portarono Khizir Khwája Khán fino alle colline che si trovano tra Badakhshán e Káshghar. Ma le spie di Kamaruddin ottennero notizie del suo nascondiglio, così lo abbandonò e fuggì sulle colline di Khotan. Temendo la scoperta, andò a Sárigh Uighur, Jurján e Lob Katak, dove rimase per dodici anni. Alla morte di Kamaruddin, la ricerca fu fatta per Khizir Khwája Khán, e Amir Khudáidád lo mandò a chiamare da dove si nascondeva. Non appena fu portato, Khudáidád chiamò il popolo e lo elevò alla Khánship. Così lo splendore dei Khán arrivò a illuminare la sovranità dei Moghul, così che gli affari di Moghulistán prosperarono. Il Khán concluse quindi una pace con Amir Timur, che formò un’alleanza con lui sposando Tavakkul Khánim, una fanciulla dell’haram reale.