Kocuria rhizophila DC2201 (=NBRC 103217)

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Il terreno actinomicete Kocuria rhizophila è un coccoide, batterio gram-positivo. Appartiene alla famiglia Micrococcaceae nel sottordine Micrococcineae, un gruppo batterico divergente per il quale sono attualmente disponibili solo limitate quantità di informazioni genomiche. Il tipo ceppo di K. rhizophila (DSM 11926T) è stato isolato dalla rizosfera di tifa narrowleaf (Typha angustifolia). Il genere Kocuria è stato creato dal genere Micrococcus sulla base della dissezione filogenetica e chemiotassonomica del genere Micrococcus. I membri del genere Kocuria sono stati isolati da un’ampia varietà di fonti naturali tra cui pelle di mammiferi, suolo, rizosfera, alimenti fermentati, campioni clinici, acqua dolce e sedimenti marini. K. rhizophila ATCC 9341, precedentemente Micrococcus luteus, è designato come ceppo di controllo della qualità in una serie di applicazioni, compresi i saggi di suscettibilità per una varietà di antibiotici. K. rhizophila DC2201 (=NBRC 103217) è stato derivato da IFO 12708 e caratterizzato come un ceppo che mostra tolleranza a un’ampia varietà di solventi organici. Le piccole dimensioni del genoma, la capacità di crescere rapidamente e ad alta densità cellulare, e la robustezza delle cellule in varie condizioni di crescita sarebbe altamente vantaggioso per lo sviluppo del sistema di bioconversione batterica che potrebbe essere utilizzato in condizioni difficili come nei solventi organici.

Il sequenziamento e l’annotazione del genoma di K. rhizophila DC2201 (=NBRC 103217) hanno rivelato un singolo cromosoma circolare (2.697.540 bp; Contenuto di G+C del 71,16%) contenente 2.356 geni codificanti proteine previsti. La maggior parte delle proteine previste (87.7%) erano ortologhi alle proteine actinobacterial ed il genoma ha mostrato synteny abbastanza buono con i genomi tassonomicamente relativi di actinobacterial. D’altra parte, il genoma sembra codificare un numero molto più piccolo di proteine necessarie per il metabolismo secondario (uno ciascuno di peptide sintetasi nonribosomiale e polichetide sintasi di tipo III), regolazione trascrizionale e trasferimento genico laterale, riflettendo la piccola dimensione del genoma. La presenza di probabili vie metaboliche per la trasformazione di composti fenolici generati dalla decomposizione di materiali vegetali e la presenza di un gran numero di geni associati al trasporto di membrana, in particolare trasportatori di aminoacidi e pompe di efflusso di farmaci, possono contribuire all’utilizzo dell’organismo degli essudati radicali e alla tolleranza a vari composti organici.

Questo lavoro è stato condotto nell’ambito del progetto “Sviluppo di un’infrastruttura tecnologica per bioprocessi industriali” della New Energy and Industrial Technology Development Organization (NEDO), Giappone.

Foto di
Dr. Tamura (NBRC, NITE)

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