A metà degli anni 1610, Shah Abbas I rinnovò i suoi sforzi per portare la Georgia più completamente nell’impero safavide e sottopose Kakheti a ripetute invasioni nel 1614, 1615 e 1616. In una serie di insurrezioni georgiane e rappresaglie iraniane, da sessanta a settantamila persone furono uccise e più di centomila contadini kakheti furono deportati con la forza in Iran. La popolazione di Kakheti diminuì di due terzi; una volta fiorenti città, come Gremi e Zagemi, si ridussero a villaggi insignificanti; l’agricoltura diminuì e il commercio si fermò.:50-51 Nel 1648, l’infaticabile Taimuraz era stato finalmente estromesso da Kakheti. Il governo safavide rafforzò il suo controllo su Kakheti, attuò una politica di sostituzione della popolazione nativa con tribù turche nomadi. Allo stesso tempo, gli alpinisti del Daghestan iniziarono ad attaccare e colonizzare le marchlands kakhetiane.
Nel 1659, i Kakheti organizzarono una rivolta generale, ostacolando i piani safavidi di insediare decine di migliaia di turcomanni a Kakheti. Tuttavia, Kakheti rimase sotto il controllo politico dell’Iran; i tre capi aristocratici della rivolta si arresero e furono giustiziati. Alcuni anni dopo, Vakhtang V Shah-Nawaz, un re georgiano musulmano/vali di Kartli, riuscì ad ottenere il permesso dello scià di installare suo figlio Archil come re / vali a Kakheti. Per un certo periodo, i due regni della Georgia orientale furono praticamente uniti sotto Shah-Nawaz e suo figlio, e ne seguì un periodo di relativa pace. Facendo della città di Telavi la sua capitale, al posto di Gremi che fu rovinata dalle invasioni iraniane, Archil si propose di attuare un programma di ricostruzione. Tuttavia, la situazione promettente era di breve durata. L’ascensione di Archil a Kakheti segnò l’inizio di una rivalità tra i due rami Bagrationi – i Mukhrani, a cui Archil apparteneva, e la Casa di Kakheti, espropriata della corona nella persona di Teimuraz I. Quest’ultima casa riuscì infine, a spese della loro apostasia all’Islam, a ristabilirsi nel 1703, e governò, d’ora in poi, a piacere dei loro suzerains safavidi. Ciò si rivelò però di scarso beneficio, e il regno continuò ad essere afflitto dalle incessanti incursioni del Daghestan.
Dal 1724 al 1744, Kakheti fu sottoposto alle successive occupazioni ottomane e iraniane. Tuttavia, il servizio reso dal principe kakhetian Teimuraz II a Nader Shah dell’Iran nella lotta contro gli ottomani ha provocato l’annullamento del pesante tributo pagato da Kakheti alla corte iraniana nel 1743. Nel 1744, come ricompensa per la loro lealtà, Nader concesse il regno di Kartli a Teimuraz II e quello di Kartli a suo figlio Erekle II. Entrambi i monarchi furono incoronati secondo una tradizione cristiana nel 1745. Sfruttarono le turbolenze in Iran che seguirono l’assassinio di Nader nel 1747 e si stabilirono come governanti praticamente indipendenti. Il loro dominio ha contribuito a stabilizzare il paese; l’economia ha cominciato a rivivere e gli attacchi del Daghestan sono stati ridotti, ma non eliminati. Quando Teimuraz morì l ‘ 8 gennaio 1762, Erekle gli succedette, unendo così la Georgia orientale come un unico stato per la prima volta in quasi tre secoli, nella forma del Regno di Kartli-Kakheti.
