鞍馬寺は、安波貝寺縁起と呼ばれる寺院に保存されている古代の記述に詳述されているように、770年までの歴史をたどります。 これらの記録には、有名な鑑真（日本では鑑真として知られています）の弟子である中国の僧鑑長が、彼の死後も彼の巨匠の寺院、東照大寺に住んでいたと書かれています。 しかし、ある日、大量の霊力が集中し、天狗や山の神が宿ると言われる北へ行くように指示された夢を見た。 そこに向かうと、貴船明神が夢の中に現れ、翌朝に東の空を見て奇跡を見るように指示するまで、甘長は絶望的に失われました。 その時、僧侶は白い馬が空の鞍を着ているのを見てショックを受け、その馬を追って、当時の山と呼ばれる山に到着しました。 鞍馬（くらま）は、”馬”と”鞍”の漢字で綴られています。 そこで甘長は宿営を始めたが、すぐに女の鬼に襲われ、彼を食い尽くそうとした。 僧侶は悪魔と口論し、彼女から逃げ、彼は救いのために祈り始めた空洞の木に避難を求めていました。 それに答えて、北の守護者である毘沙門天が鬼を退治しました。 毘沙門天のおかげで、願頂は悟りを求め、天王を崇拝するために敷地内に小さな庵を設けました。
794年に奈良から京都に遷都すると、多くの貴族や廷臣が同行し、京都南部の東寺の建設に関わった有力な一族の一人である藤原一仙堂が、山に寺院を建設することを後援した。 鞍馬は二年後、千手観音のビジョンを見た後。 藤原家はしばしば慈悲の女神である観音を後援した寺院に祀っていたため、鞍馬寺は両方の神を祀るようになり、最終的に天台宗の寺院となった。 長年にわたり、複合施設はいくつかの火災に見舞われ、焼失して再建されましたが、宝物と仏像は無事に救出され、新しい家に戻されました。
平安時代の最も有名な歴史的伝説の一つ、平家の乱の物語は、鞍馬寺を含みます。 暗殺された源氏の幼子である源義経（1159年-1189年）が、父の政敵である平氏によって、後に対抗できる武士ではなく僧侶として成長した場所であった。 義経は出家しようとしていたにもかかわらず、山林に忍び込み、天狗の王に剣術の訓練を受けた後、一族の名誉を取り戻し、兄弟とともに平氏に復讐するために出家したと伝えられている。
鞍馬寺は、1947年に信楽光運住職が鞍馬教を設立するまで、何世紀にもわたって何度も宗派の忠誠を変えました。 鞍馬寺に代表される自然崇拝の様々な修行方法や様式が他の流派とは大きく異なることから、1949年に天台宗から独立した。 この新しい宗派の設立時には、毘沙門天と観音、鞍馬寺でのみ信仰される密教の神である御法真尊（ごほうまおそん）からなる尊天と呼ばれる三位一体の形成が導入された。 鞍馬流は、人生は観音の慈悲、毘沙門天の真実、そして最高の三位一体尊天の形でMaōsonのエネルギーによって導かれることを教えています。
