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放線菌Kocuria rhizophilaはコクコイドであり、グラム陽性である。細菌だ それは亜目Micrococcineaeの家族Micrococcaceae、ゲノム情報の限られた量だけ現在利用できる発散した細菌のグループに属します。 Kの型ひずみ。 rhizophila(DSM11926T)ナローリーフキャットテール(Typha angustifolia)の根圏から単離されました。 Ｋｏｃｕｒｉａ属はＭｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ属からｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ属の系統発生学的および化学分類学的解剖に基づいて作成された。 Ｋｏｃｕｒｉａ属のメンバーは，ほ乳類の皮膚，土壌，根圏，発酵食品，臨床標本，淡水および海洋堆積物を含む多種多様な天然源から単離された。 K. rhizophila ATCC9341、以前Micrococcus luteusはいろいろな抗生物質のための感受性の試金を含むいくつかの適用の品質管理緊張として、示される。 Ｋ．ｒｈｉｚｏｐｈｉｌａ ＤＣ２ ２ ０ １（＝ＮＢＲＣ１ ０ ３ ２ １ ７）は、ＩＦＯ１ ２ ７ ０ ８から誘導され、多種多様な有機溶媒に対する耐性を示す株として特徴付けられた。 ゲノムサイズが小さく，細胞密度が高く，種々の増殖条件下での細胞のロバスト性は，有機溶媒などの過酷な条件下で使用できる細菌生物変換システムの開発に非常に有利である。
k.rhizophila DC2201(=NBRC103217)のゲノムの配列決定と注釈は、2,356予測されたタンパク質コード遺伝子を含む単一の環状染色体(2,697,540bp;G+C content有量71.16%)を明らかにした。 予測されるタンパク質のほとんど（87。7%)はアクチノバクテリア蛋白質にorthologousであり、ゲノムは分類学的に関連したアクチノバクテリアのゲノムとかなりよいsyntenyを示した。 一方，ゲノムは二次代謝（ノニボソームペプチドシンターゼとＩＩＩ型ポリケチド合成酵素のそれぞれ一つ），転写調節および側方遺伝子導入に必要なタンパク質の数がはるかに少ないと考えられ，ゲノムサイズが小さいことを反映している。 植物材料の分解から生成されたフェノール化合物の変換のための可能性のある代謝経路の存在、および膜輸送に関連する遺伝子の多数の存在、特にアミノ酸トランスポーターと薬物流出ポンプは、根滲出液の生物の利用だけでなく、様々な有機化合物への耐性に寄与する可能性があります。
本研究は、独立行政法人新エネルギー-産業技術総合開発機構（NEDO）のプロジェクト”産業バイオプロセスのための技術基盤の開発”の一環として行われました。
Photo by
田村博士（NBRC、NITE）
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Int J Syst Bacteriol 49 Pt 1:167-73. Taxonomic dissection of the genus Micrococcus : Kocuria gen. nov., Nesterenkonia gen. nov., Kytococcus gen. nov., Dermacoccus gen. nov., and Micrococcus Cohn 1872 gen. emend. Stackebrandt, E., C. Koch, O. Gvozdiak, and P. Schumann. (1995)
Int. J. Syst. Bacteriol. 45:682-692. Reclassification of ATCC 9341 from Micrococcus luteus to Kocuria rhizophila. Tang, J. S., and P. M. Gillevet. (2003)
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Enzyme Microb. テクノル 39:511-518.
2,697,540bp
2,356
71.2%
DOGAN
*:NBRCは”NITE Biological Resource Center”の頭字語です。
NBRCのURLはhttp://www.nbrc.nite.go.jp/e/index.htmlです。 微生物ゲノムDnaの配布国立研究開発法人評価技術研究所生物資源センター(独立行政法人NITE生物資源センター)では、微生物ゲノムDNAの配布を行っています。
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