Kocuria rosea、NCTC2676、NCTC7514、NCTC7512、NCTC7528、NCTC7511の五株の全ゲノム配列

アナウンス

Kocuria Roseaは、栄養寒天上に円形、滑らかでピンクがかったコロニーとして成長する非胞子形成、好気性、オキシダーゼ陰性、カタラーゼ陽性、グラム陽性のCOCCOID細菌です。 この生物は、伝統的に腐生菌として知られており、一般的に自然環境（土壌、水、空気）に存在しています（1）。 K.roseaはまた、ヒトの皮膚および口腔咽頭に見合ったものであり、非常にまれにヒト病原体であるが、潜在的な誤認およびmicrococciが汚染物質と考えられているた K.roseaは日和見病原体として記述されています; 免疫担当者および基礎疾患を有する患者において医療機器関連疾患を引き起こすことが知られており、腹膜透析を受けている患者における尿路感染症、菌血症、心内膜炎および腹膜炎の孤立した症例に関与している（3-6）。 表現型および生化学的同定技術は、K.roseaを正確に同定することができない可能性があり、この生物によって引き起こされる疾患のより完全な画像を構築するためにゲノムベースの同定方法が必要になる可能性がある(2)。 現在、K.rosea株に利用可能なドラフトゲノム配列は三つしかありません。 ここでは、National Collection of Type Cultures(NCTC)に寄託された五つの株の追加のゲノム配列を報告します。 これらのゲノムの三つは、単一のコンティグに組み立てられています。

本研究で配列決定された系統の歴史的性質のため、メタデータの利用可能性は限られている。 NCTCの記録は、すべての5つの株が1949年以前に単離されたことを強調しています。 特に、それらのすべては、1940年代後半にNCTCで行われた研究に記載されており、その目的は、形態学的特性、生化学的特性、および二つのバクテリオファージ（7）に対する感受性のための431株を調べることによって、好気性カタラーゼ陽性グラム陽性球菌の分類の遍在的に有用なシステムを提供することであった。 また、NCTC7512、NCTC7514、およびNCTC7528は、かつて1890年から1911年まで運営されていた世界初の微生物培養コレクションの一つであるKralコレクションの一部であったことも知られている。＜９ ２ ７ ３＞＜４ １ ０ ９＞５つのＮＣＴＣ株を凍結乾燥アンプルから回収し、栄養寒天上で培養し、３ ７℃で４ ８時間インキュベートした。Ｑｉａｇｅｎ ｍｉｄｉ ｋｉｔおよび１ ０ ０／Ｇ Ｇｅｎｏｍｉｃ−ｔｉｐ（Ｍａｎｃｈｅｎｔｅｒ，ＵＫ）を用いて純培養 全ゲノム配列決定（ＷＧＳ）は、Ｐａｃｉｆｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｐａｃｂｉｏ）ＲＳ ＩＩプラットフォームを使用して実施した。 ＤＮＡを１ ５ｋｂまで剪断し、続いて１ ０ｋｂ〜２ ０ｋｂのライブラリーの調製およびＣ４／Ｐ６化学を利用した配列決定を行った。

シーケンス読み取りは、SMRT解析ソフトウェアv2.3.0(8)のHGAP v3を使用して組み立てました。 組み立てのための最小断片長を選択するときの目標へのフォールドカバレッジは30に設定され、おおよそのゲノムサイズは3Mbpに設定された。 アセンブリはCirclator v1.1.3(9)を使用して循環化されました。 最後に、ＰＡＣＢＩＯ Ｒｓ＿Ｒｅｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｐｒｏｔｏｃｏｌおよびＳｍｒｔ分析ソフトウェアｖ２． 自動注釈は、Prokka v1.5およびRefSeq(10)からの属特異的データベースを用いて実施した。 ５株のゲノムの要約統計量を表１に示す。