… 構造式からも分子の3次元配置を考慮する必要があります。 構成をモデル化するには、セクション3に示すように、グラフ変換によって提供できる適切な手法が必要です。 空間配置は、多くの化学反応において重要な役割を果たしています。 空間における分子実体の原子の配置は、異なる化学的性質を有する鏡像異性体を区別する。 人体の受容体は適切な絶対配置を有する薬物分子とのみ相互作用するので、それらはしばしば異なるにおいと味があり、それらの薬理学的効果に関 キラル分子は互いに鏡像であるが、並進と回転によって重畳することはできない。 図5は、キラル分子グリセルアルデヒドのサンプルを示しています。 Entantiomer L-glyceraldehydeおよびD-glyceraldehydeは3次元空間の整理を除いて等しい左右の手のように機能します。 キラリティは、クエン酸サイクルに関与する分子および酵素のいくつかにおいて役割を果たす。 すなわち、2つの同一の配位子（結合した原子または基）のうちの1つが新しい置換基によって置換されている場合、キラルになるであろう。 これはまたクエン酸塩が個々の原子を示すために放射性炭素を使用して探検された酵素のaconitaseとのisocitrateに異性化されるとき非対称的なphe nomenaで起因します。 Isocitrateはisocitrateのdehydrogenaseによってd異性体としてl異性体は反応しないか、または最近発見されたようにマグネシウムの金属の混合物の非存在下で起こる酵素 これらの例は、代謝経路の正式な表現が常に立体化学的側面に対処すべきであることを示している。 化学では、鏡像異性体の区別のためのいくつかの命名規則があります。 特に、光学活性、（＋）または（−）、Ｄ／Ｌ−およびＲ／Ｓ−分類スキームによる分類がある。 すべては、歴史的または実用的な理由のために化学の特別な分野で使用されていますが、それらは互いに直接変換可能ではありません。 したがって、例えば、正の光学活性（+）を有する分子は、DまたはLのいずれかであり得、これを決定する一般的な規則はない。 D/L-規則は、最も一般的に使用されるキラル分子の一つであるグリセルアルデヒドに分子を関連付けることに基づいています。 構造式を書き留めるとき、線は図面のほぼ平面内の結合を表します; 平面上の原子への結合はくさび（くさびの狭い端に図面の平面内の原子から始まる）で示され、平面下の原子への結合は破線で示されている（図参照）。 6). 次のセクションでは、分子をD-グリセルアルデヒドの構造と比較することによって立体化学的配置を考慮した分子反応をモデル化するハイパーグラフアプローチを確立します。 ラベルのランク付けされた集合=(n)n≤Nが与えられたとき、-ラベル付けされたハイパーグラフ(V,E,s,l)は頂点の集合V、辺の集合E、関数sで構成されます : E→V∞各辺にV内の頂点のシーケンスを割り当て、辺ラベル関数l:E→Aが、長さ(s(e))=nならば、A∈A nに対してl(e)=A、すなわち、ラベルのランクが辺が付加されるノードの数を決定するようなものである。 超グラフの射とは、ノードのラベルと割り当てを保存する関数φ V:V1→V2とφ E:E1→E2のペア、つまりl2≤φ E=l1とφ≤V≤s1=s2≤φ Eである。 したがって、モルフィズムは、エッジによって表される原子とその化学価数（結合の数）を尊重しなければならない。 ラベル付けされたハイパーグラフは、階層的なグラフ構造と考えることができます。 Löweによって示されるように、プッシュアウトはすべての階層グラフ構造に対してelementwisely計算することができ、したがって、標準的なグラフ変換アプローチを適用することができる。 グラフ変換規則(graph transformation rule)とは、単射超グラフl r射p=(L∞−K−→R)のスパンであり、規則のスパンと呼ばれる。 左側のLは、ルールの適用のために存在しなければならない項目を含み、右側のRはその後に存在する項目を含み、接着グラフKは”接着項目”を指定する。、アプリケーション中に読み取られるが、消費されないオブジェクト。 p(o)直接変換G=≤Hは、以下に示すように二重プッシュアウト(DPO)図o=O L,O K,O Rによって与えられます。(1),(2)はプッシュアウトであり、topとbottomはルールスパンです。 一致o Lは単射グラフ準同型であると仮定する。 変換の規則と図に興味がない場合は、G=√Hまたは単にG=√Hと書きます。 我々は、分子とそれらの反応をモデル化するためにハイパーグラフ（V、E、s、l）を使用して、ハイパーエッジを原子として、ノードをそれらの間の結合としてインタープリティングします。 エッジe≤Eに入射する頂点の文字列s(e)は、他の原子への結合の特定の順序を与え、それらの空間構成も符号化する。 …
