브레슬라우에서 태어나 순교한 신학자 디트리히 본회퍼의 형이었다. 그의 아버지는 신경 학자 칼 본회퍼 그리고 그의 어머니는 폴라 폰 하세.
본회퍼는 1918 년부터 1922 년 발터 네른스트와 함께 베를린에서 박사학위를 취득했다. 1923 년부터 1930 년까지 그는 베를린 달렘의 카이저 빌헬름 물리 화학 및 전기 화학 연구소에서 프리츠 하버와 조수였습니다. 1927 년 재활 후,그는 베를린 대학의 전체 교수가되었다. 1930 년 본회퍼는 프랑크푸르트 대학교 물리화학 교수로 임명되었다. 4 년 후,그는 라이프 치히 대학의 물리 화학 교수로 임명되었습니다. 1947 년
본회퍼는 카이저 빌헬름 물리전기화학연구소(현 프리츠 하버연구소)의 소장을 역임했다.
1949 년,막스 플랑크 물리화학연구소장(제 2 차 세계대전)으로 임명되었다. 이 연구소는 1971 년 사망 한 후 오랫동안 재구성되었으며 현재 막스 플랑크 생물 물리학 화학 연구소 지 트팅겐,또한 칼-프리드리히 본회퍼 Institute.In 1929 년 본회퍼는 폴 하텍과 함께 수소,오르토 수소 및 파라 수소의 스핀 이성질체를 발견했습니다.
그는 1957 년 58 세의 나이로 1957 년 제 2 차 세계대전에서 사망했다.