een traditionele linguïstische classificatie van de zuidelijk-Afrikaanse Khoisan talen verdeelt hen in drie groepen: noordelijk, Centraal en Zuidelijk. Sandawe uit Tanzania heeft een verre relatie met de centrale groep, maar de plaats van Hadza zelfs in relatie tot Sandawe is altijd onduidelijk geweest; en de status van Kwadi, een uitgestorven taal van Namibe (voorheen Moçâmedes) in het zuidwesten van Angola, blijft onzeker. Kwadi kan zeer ver verwant zijn aan de Khoe groep. Binnen elke groep vindt men min of meer verwante talen en dialecten met onderscheidende grammaticale of lexicale kenmerken, maar tussen groepen zijn er uitgesproken taalkundige verschillen. In een meer verfijnde onderverdeling van de talen, worden de geografische bijvoeglijke naamwoorden vervangen door de namen voor ‘persoon’ in elke grote cluster van talen, zodat Ju vervangt Noordelijke, Khoe vervangt centrale, en !Kwi en Taa breiden uit naar het zuiden.
de Ju dialecten !Xũ, Ju / hoã en ǂKx ‘au ǁ’ eĩ worden gesproken door ongeveer 11.000 mensen, voornamelijk in het noordoosten van Namibië en aangrenzende delen van Ngamiland in Botswana; er kunnen ook enkele sprekers zijn in het zuiden van Angola. De Khoe talen-met name de Khoekhoe groep, bestaande uit Nama (officieel genaamd Khoekhoegowab) van Namibië, met ongeveer 230.000 sprekers, en !Ora en Gri (beide uitgestorven) van Zuid—Afrika-zijn de meest talrijk. De meerderheid van de overige Khoe-talen en-dialecten van de niet-Khoekhoe (NKK) – groep, die samen ongeveer 66.000 sprekers omvatten, worden gevonden over het geheel van westelijk, centraal en Noord-Botswana. Van de zogenaamde Westerse NKK talen wordt Naro gesproken in het westen (met een paar sprekers in aangrenzende delen van Namibië), | Gui en ǁGana worden gesproken in het west-centrale gebied, en Buga en Buani worden gesproken in het noorden in de Okavango delta. (Kxoe, die nauw verwant is aan de laatste, wordt gevonden in de Caprivi strook, Namibië, en langs de Kwando rivier in het zuidoosten van Angola. De Shua en Tshua groepen worden gesproken in de oostelijke delen van Botswana. De TAA dialecten van de zuidelijke groep, bestaande uit nauw verwante variëteiten van !Xóõ, worden gesproken door minder dan 2.500 mensen in het zuidwesten van Botswana (Klik hier voor een audio clip van de !Xóõ language). De uitgestorven !Kwi dialecten van de zuidelijke groep, zoals | Xam, ǁXegwi, ǁNg, en |’Aoni, werden gesproken in Zuid-Afrika; van de !Kwi dialecten, alleen ǂKhomani wordt nog gesproken, door een paar individuen in de provincie Noord-Kaap (Klik hier voor een audio clip van de ǂKhomani taal). ǂHuã, een taal van Zuidoost-Botswana met minder dan 100 sprekers, deelt functies met zowel de Zuidelijke als de Ju-groepen. In Oost-Afrika wordt Sandawe gesproken door 70.000 mensen in Tanzania ten noordwesten van Dodoma, en Hadza wordt gesproken door ongeveer 800 mensen in Noord-Centraal Tanzania bij het Eyasi-meer. Klik hier voor een audio clip van de | Gui taal en hier voor een clip van Ju.
de hypothese van een genetische relatie tussen al deze talen leidt tot de postulatie van een Macro-Khoisanfamilie, vertegenwoordigd in de vorm van de stamboom. De stippellijn die Hadza met de wortel verbindt weerspiegelt onzekerheid over haar lidmaatschap in de familie, en de uitlijning van Sandawe ’s en Kwadi’ s afzonderlijke takken naast de Khoe groep stelt een mogelijke maar verre verbinding tussen die takken. Het bewijs voor een subgroep van genetisch verwante zuidelijk-Afrikaanse Khoisan talen in de boom is echter zeer dun en van zo ‘ n ongelijke kwaliteit dat de realiteit van een Macro-Khoisan familie in twijfel is getrokken. Conventionele methoden van linguïstische vergelijking toegepast tussen de belangrijkste groepen van de Khoisan talen hebben niet geleid tot regelmatige klank correspondenties, waardoor gemeenschappelijke wortels kunnen worden gereconstrueerd; en gedeelde innovaties in grammaticale structuur, die worden beschouwd als de beste bron van bewijs voor postulerende taalkundige relaties zijn, frustrerend, afwezig. De illustreert dit probleem met enkele basiswoorden uit de hoofdonderverdelingen. De overweldigende indruk is van radicale verschillen tussen de groepen. Het woord voor ‘buffalo’ toont Sandawe ‘ s link met de Khoe groep, maar de vergelijkbare vorm in Ju is hoogstwaarschijnlijk een lenen van een naburige Khoe taal in plaats van een geërfde vorm van een gemeenschappelijke voorouder. De gelijkenis tussen de Khoe en !Xóõ forms for ‘drink’ and ‘laugh’ hints on possible sound correspondences between the klinkers and the medeklinkers, but this similarity feed to other words in the two groups. De congruente verschillen tussen de Ju vormen voor ‘drinken’ en ‘lachen’ aan de ene kant en de Khoe/!Xóõ vormen aan de andere kant zijn intrigerend, maar omdat ze niet generaliseren, blijven ze alleen maar verleidelijk. Linguïstische vergelijkingen hebben uiteindelijk geleid tot veel te weinig redelijke overeenkomsten om veilige familierelaties tussen de talen tot stand te brengen.
een andere benadering van het probleem van de verkenning van de taalkundige verwantschap omvat massavergelijkingen van woorden tussen talen in de verschillende groepen. Door enige flexibiliteit toe te staan in het associëren van betekenissen en woorden in plaats van aan te dringen op nauwe semantische correspondenties en regels van klankverandering, heeft deze techniek enkele suggestieve overeenkomsten opgeleverd, met een paar van hen die zelfs verder reiken dan de Khoisan-talen naar talen van de Niger-Congo-familie. Wanneer dergelijke gevallen te betrekken klikken in Khoisan woorden die overeenkomen met niet-klikken in Niger-Congo woorden, de hardnekkige probleem van Klik genesis en klik verlies ontstaat. Het is mogelijk dat het falen om Khoisan taalkundige relaties overtuigend aan te tonen een functie is van de beperkingen van conventionele en andere vergelijkende methoden om de grote tijddiepte tussen de groepen te penetreren.