Abstract
hoewel zoogdiergenomen diploïde zijn, hebben eerdere studies uitgebreid de gemiddelde chromatinearchitecturen onderzocht zonder rekening te houden met de verschillen tussen homologe chromosomen. Wij produceerden Hi-C, Spaander-seq, en RNA-seq gegevensreeksen van CD4 T cellen van B6, gegoten, en hybride muizen, om de diploïde chromatin organisatie en epigenetische regelgeving te onderzoeken. Onze gegevens geven aan dat interchromosomale interactiepatronen tussen homologe chromosomen vergelijkbaar zijn, en de gelijkenis is sterk gecorreleerd met hun allelische coexpressieniveaus. Reconstructie van de 3D kern onthulde dat de afstanden van de homologe chromosomen tot het centrum van de kern bijna hetzelfde zijn. De interchromosomale interactie bij centromeereinden zijn beduidend zwakker dan die bij telomeereinden, die voorstellen dat zij in verschillende gebieden binnen de chromosoomgebieden worden gevestigd. De meerderheid van A / B compartimenten of topologisch geassocieerde domeinen (TADs) zijn consistent tussen B6 en Cast. We vonden dat 58% van de haploïden in hybriden hun oudercompartiment status behouden op B6 / Cast divergente compartimenten als gevolg van cis effect. Ongeveer 95% van de trans-effected B6/Cast divergente compartimenten convergeren naar dezelfde compartimentstatus mogelijk als gevolg van een gedeelde cellulaire omgeving. We toonden aan dat de differentieel tot expressie gebrachte genen tussen de twee haploïden in hybride geassocieerd werden met genetische of epigenetische effecten. Samengevat, onze multi-omics gegevens van de hybride muizen leverden haploïde-specifieke informatie over de 3D nucleaire architectuur en een rijke bron voor een beter begrip van de epigenetische regulatie van haploïde-specifieke genexpressie.
