Hele Genoom Sequenties van Vijf Stammen van Kocuria rosea, NCTC2676, NCTC7514, NCTC7512, NCTC7528, en NCTC7511

AANKONDIGING

Kocuria rosea is een niet-sporenvormende, aerobic, oxidase-negatief, katalase-positief, Gram-positieve coccoid bacterie die groeit als ronde, gladde, roze kolonies op nutriënt agar. Dit organisme staat traditioneel bekend als een saprofyt en komt algemeen voor in de natuurlijke omgeving (bodem, water en lucht) (1). K. rosea is ook een commensaal van de menselijke huid en de orofarynx en is zeer zelden een menselijke pathogeen, hoewel als gevolg van mogelijke verkeerde identificatie en microkokken worden beschouwd als contaminanten, zijn rol in infectie kan worden onderschat (2). K. rosea is beschreven als een opportunistische ziekteverwekker; het is bekend dat het aan medische hulpmiddelen gerelateerde ziekten veroorzaakt bij de immunocompetent en bij patiënten met onderliggende aandoeningen, en het is betrokken bij geïsoleerde gevallen van urineweginfectie, bacteriëmie, endocarditis en peritonitis bij patiënten die peritoneale dialyse ondergaan (3-6). Fenotypische en biochemische identificatietechnieken kunnen K. rosea niet correct identificeren en genoomgebaseerde identificatiemethoden kunnen nodig zijn om een vollediger beeld te krijgen van de ziekte die door dit organisme wordt veroorzaakt (2). Momenteel zijn er slechts drie concept genoomsequenties beschikbaar voor K. rosea stammen. Hier rapporteren we extra genoomsequenties van vijf stammen die zijn gedeponeerd in de National Collection of type Cultures (NCTC). Drie van deze genomen zijn samengevoegd tot één contig.

vanwege de historische aard van de in deze studie gesequenceerde stammen is de beschikbaarheid van metagegevens beperkt. NCTC-gegevens tonen aan dat alle vijf stammen vóór 1949 werden geïsoleerd. In het bijzonder, alle van hen worden vermeld in een studie die in het NCTC in de late jaren 1940 werd uitgevoerd, het doel van die studie was om een ubiquitously nuttig systeem van Classificatie voor aërobe catalase-positieve Gram-positieve cocci te verstrekken door 431 stammen op morfologische kenmerken, biochemische kenmerken, en gevoeligheid voor twee bacteriofagen te onderzoeken (7). Het is ook bekend dat NCTC7512, NCTC7514 en NCTC7528 ooit deel uitmaakten van de Kral-collectie, een van ‘ s werelds eerste microbiële cultuurverzamelingen die van 1890 tot 1911 actief waren.

de vijf NCTC-stammen werden teruggevonden uit gevriesdroogde ampules, gekweekt op voedingsagar en gedurende 48 uur geïncubeerd bij 37°C. genomisch DNA werd geëxtraheerd uit de zuivere culturen met behulp van de Qiagen midi-kit en een 100/G Genomic-tip (Manchester, UK). Whole-genome sequencing (WGS) werd uitgevoerd met behulp van de Pacific Biosciences (PacBio) RS II platform. DNA werd geschoren aan 15 kb, gevolgd door voorbereiding van een bibliotheek van 10 kb – aan 20 kb en het rangschikken gebruikend C4/p6 chemie.

Sequentiewaarden werden samengesteld met behulp van HGAP v3 van de Smrt-analysesoftware v2.3.0 (8). De vouwendekking aan doel toen het plukken van de minimumfragmentlengte voor assemblage werd geplaatst aan 30, en de geschatte genoomgrootte werd geplaatst aan 3 Mbp. De assemblage werd circulair gemaakt met behulp van Circlator v1. 1.3 (9). Tenslotte werd de circularized assemblage gepolijst met behulp van het PacBio RS_Resequencing protocol en Quiver v1 van de Smrt analyse software v2. 3.0. Geautomatiseerde annotatie werd uitgevoerd met behulp van Prokka v1. 5 en een genus-specifieke database van RefSeq (10). De samenvattende statistieken van de genomen van de vijf stammen zijn weergegeven in Tabel 1.