in het tweede millennium v.Chr. waren de gebieden tussen de Kama en de Irtysh de thuisbasis van een Proto-Uralisch sprekende bevolking die contacten had met Proto-Indo-Europese sprekers uit het zuiden. De inwoners van de gebieden waren van Europidenbestand, maar de Khanty zijn overwegend Uraloid. De bosbevolking is de voorouder van de moderne Oegrische inwoners van Trans-Uralia. Sommigen beschouwen de voorouders van de Khanty als de prehistorische metaalbewerking Andronovo cultuur. Andere onderzoekers zeggen dat de Khanty mensen zijn ontstaan in de zuidelijke Oeral steppe en verhuisde naar het noorden naar hun huidige locatie ongeveer 500 na Christus.
Khanty komt waarschijnlijk voor in Russische records onder de naam Yugra (ca. 11e eeuw), toen ze contact hadden met Russische jagers en kooplieden. De naam komt van de Komi-Zyrische taal jögra (‘Khanty’). Het is ook mogelijk dat ze voor het eerst werden opgenomen door de Engelse koning Alfred de grote (ca. 9e eeuw), die Fenland (wetland) ten oosten van de Witte Zee in West-Siberië. De oudere Russische naam Ostjak komt van Khanty as-kho ‘persoon uit de Ob (as) rivier,’ met-yak naar andere etnische termen zoals Permjak.In de 11e eeuw was Yugra een term voor vele stammen, die elk een eigen centrum en een eigen stam hadden. Elke stam had twee exogamische fratrieën, genaamd mon ‘ T ‘ en por, en alle leden werden beschouwd als bloedverwanten. Deze structuur werd later vervangen door clans, waar elke clanleider (knyazets) onderhandelde met het Russische rijk. Ze namen ook deel aan Russische campagnes, en kregen het recht om yasaq (eerbetoon) te verzamelen van twee Khanty volosts (districten) respectievelijk. Toen deze structuur niet meer nodig was, beroofde Rusland hen van hun privileges.Tussen de 17e en 19e eeuw waren er pogingen om het christendom te introduceren, maar de Khanty levensstijl onderging geen echte veranderingen. In de tweede helft van de 19e eeuw accepteerden ze geleidelijk de staatswet.Tijdens de Sovjetperiode was de Khanty een van de weinige inheemse minderheden in Siberië die een autonomie kreeg in de vorm van een okrug (autonoom district). De vestiging van autonomie heeft een belangrijke rol gespeeld in de consolidatie van de ethnos (de Westelijke Khants noemden hun oostelijke buren Kantõk ). In de jaren dertig van de vorige eeuw werden echter gezamenlijke inspanningen geleverd door de Sovjetstaat om ze te collectiviseren. De eerste stadia van dit betekende de executie van stamhoofden, die werden bestempeld als “koelakken”, gevolgd door de executie van sjamanen. De ontvoering door de staat van de kinderen die naar Russisch sprekende kostscholen werden gestuurd, leidde in 1933 tot een nationale opstand, de kazym-opstand.Na het einde van de Stalinperiode werd dit proces versoepeld en in de jaren tachtig en negentig werden de inspanningen geïntensiveerd om hun gemeenschappelijk grondgebied te beschermen tegen industriële expansie van verschillende ministeries en instanties. De autonomie heeft ook een belangrijke rol gespeeld bij het behoud van de traditionele cultuur en taal.
