Khizr Khoja nam de troon van Moghulistan na de nederlaag van Qamar-ud-din Khan Dughlat door Timoer in 1390.Tarikh-i-Rashidi door Mirza Muhammad Haidar Dughlat zegt dat Tughluk Timur Khán ‘ s jongste zoon Khizir Khwája Khán was, en dat terwijl hij nog aan de borst van zijn moeder lag, hij gered werd van de wreedheid en vijandschap van Kamaruddin door Mir Ághá, de moeder van Amir Khudáidád. Toen het kind twaalf jaar werd, namen zijn vrienden, die nog steeds bang waren voor Amir Kamaruddin, hem mee uit Káshghar.Amir Khudáidád wilde een paar betrouwbare mannen met hem mee sturen, maar Mir Ághá verzette zich tegen dit plan en zei: “stuur geen van je eigen dienaren, want als de jongen Khán wordt, zullen mensen uit de basis invloedrijk worden, en dan zullen ze vijanden blijken voor jezelf en je kinderen. Zij zullen denken dat de mensen hun niet voldoende respect geven, maar onder elkaar zeggen: “Dit zijn slechts dienaren.’Stuur daarom liever anderen dan je eigen vazallen—stuur vreemden.”Dus werden twaalf mannen gestuurd, en elk werd uiteindelijk een Amir. Veel van hun nakomelingen leven nu. Onder hun aantal was Arjirák, van wie afstammen de Amirs van Itárji; Tájri van Khwárizm, van wie zijn ontstaan de Amirs van Kunji; terwijl een ander was van de stam van Chálish Siádi ; en zijn zonen werden ook Amirs, met de stijl van Kushji, maar ze worden ook Kukildásh genoemd.Ze namen Khizir Khwája Khán mee naar de heuvels tussen Badakhshán en Káshghar. Maar de spionnen van Kamaruddin kregen nieuws van zijn schuilplaats, dus hij verliet het en vluchtte naar de heuvels van Khotan. Uit angst voor ontdekking ging hij naar Sárigh Oeighur, Jurján en Lob Katak, waar hij twaalf jaar bleef. Na de dood van Kamaruddin werd gezocht naar Khizir Khwája Khán, en Amir Khudáidád liet hem halen van waar hij zich verborg. Zodra hij werd binnengebracht, riep Khudáidád de mensen bij elkaar en bracht hem op tot het Khánschap. Aldus kwam de pracht van de Khán om de soevereiniteit van de Moghuls te verlichten, zodat de zaken van Moghulistán floreerden. De Khán sloten toen een vrede met Amir Timur, die een alliantie met hem vormde door te trouwen met Tavakkul Khánim, een meisje uit de Koninklijke haram.
