Kocuria rhizophila DC2201(= NBRC 103217)

ででで

de bodemactinomycete kocuria Rhizophila is een gram-positieve coccoïde bacterie. Het behoort tot de familie Micrococccaceae in de suborde Micrococcineae, een divergente bacteriegroep waarvoor momenteel slechts beperkte hoeveelheid genomische informatie beschikbaar is. Het type stam van K. rhizophila (DSM 11926T) werd geïsoleerd uit de wortelzone van smalbladige lisdodde (Typha angustifolia). Het geslacht Kocuria is ontstaan uit het geslacht Micrococcus op basis van de fylogenetische en chemotaxonomische dissectie van het geslacht Micrococcus. Leden van het geslacht Kocuria werden geïsoleerd uit een grote verscheidenheid van natuurlijke bronnen, waaronder zoogdierhuid, bodem, de rhizosfeer, gefermenteerd voedsel, klinische specimens, zoet water en mariene sedimenten. K. rhizophila ATCC 9341, vroeger Micrococcus luteus, wordt aangewezen als kwaliteitscontrolestam in een aantal toepassingen, met inbegrip van gevoeligheidstests voor een verscheidenheid van antibiotica. K. rhizophila DC2201 (=NBRC 103217) werd afgeleid van IFO 12708 en gekarakteriseerd als een stam die tolerantie vertoont voor een grote verscheidenheid aan organische oplosmiddelen. De kleine genoomgrootte, de capaciteit om snel en bij hoge celdichtheid te groeien, en de robuustheid van de cellen bij Diverse de groeivoorwaarden zouden hoogst voordelig voor de ontwikkeling van bacterieel bioconversiesysteem zijn dat onder ruwe voorwaarden zoals in organische oplosmiddelen zou kunnen worden gebruikt.

Sequencing en annotatie van het genoom van K. rhizophila DC2201 (= NBRC 103217) onthulde een enkel circulair chromosoom (2.697.540 bp; G+C-gehalte van 71,16%) met 2.356 voorspelde eiwitcoderende genen. De meeste voorspelde eiwitten (87.7%) waren orthologe aan actinobacteriële proteã nen, en het genoom toonde vrij goede synteny met taxonomisch verwante actinobacteriële genomen. Aan de andere kant, lijkt het genoom om veel kleinere aantallen proteã nen te coderen die voor secundair metabolisme (één elk van nonribosomal peptide synthetase en type III polyketidesynthase), transcriptional regulation en laterale genoverdracht nodig zijn, die de kleine genoomgrootte weerspiegelen. De aanwezigheid van waarschijnlijke metabole routes voor de omzetting van fenolverbindingen die worden gegenereerd door de afbraak van plantaardige materialen, en de aanwezigheid van een groot aantal genen geassocieerd met membraantransport, met name aminozuurtransporteiwitten en effluxpompen voor geneesmiddelen, kunnen bijdragen tot het gebruik door het organisme van wortelafscheiding en tot de tolerantie voor verschillende organische verbindingen.Deze werkzaamheden werden uitgevoerd in het kader van het project “ontwikkeling van een technologische infrastructuur voor industriële bioprocessen” van de New Energy and Industrial Technology Development Organization (NEDO), Japan.

Foto van
Dr. Tamura (NBRC, NITE)

to Page Top