CASE REPORT
de patiënt was een 3-jarig meisje met een totale colonvorm van de ziekte van Hirschsprung. Op dag 2 van het leven (27 April 2006) werd een spoedoperatie uitgevoerd voor occlusie van de dunne darm als gevolg van atresie, waarbij 31 cm dunne darm werd verwijderd, gevolgd door terminale ileostomie en colostomie. Een totale parenterale voeding was toen nodig. Op 25 augustus 2006 werd een subcutane implanteerbare vasculaire toegangspoort (Cook Spectrum Central Venous Catheter, Cook Ireland Ltd.) werd geplaatst voor thuis parenterale voeding na een toevallige verwijdering van de Nutricath (Vygon, Frankrijk) katheter.
vier maanden later (December 2006) werd de eerste septische episode waargenomen, waarbij zeven positieve bloedmonsters door de katheter en uit een perifere ader werden genomen. De koorts verdween onmiddellijk na de start van antimicrobiële therapie waarbij vancomycine (40 mg/kg lichaamsgewicht/dag, 10 dagen) en gentamicine (3 mg/kg/dag, 2 dagen) werden gecombineerd. Bloedisolaten werden voor het eerst geïdentificeerd als Micrococcus spp. door routine biochemische galerijen te gebruiken en vervolgens als kocuria rhizophila door moleculaire hulpmiddelen te gebruiken. Daarna werden zeven andere septische episodes met K. rhizophila (twee in 2007, vier in 2008 en één in 2009) waargenomen en opgelost met dezelfde antimicrobiële therapie. Aangezien werd aangenomen dat kolonisatie van de katheter de oorzaak van sepsis was, ethanol sloten (70% ethanol werd ingebracht in de katheter lumen voor 12 uur en werd vervolgens onttrokken aan de katheter lumen; vervolgens werd een isotone natriumchloridespoeling uitgevoerd) werden gemaakt in de katheter tijdens de laatste vier episodes geassocieerd met systemische antibiotica (17). Ten tijde van de laatste septische gebeurtenis in 2009 werd een gat in de katheter gedetecteerd en gerepareerd met behulp van een specifieke reparatieset. Na April 2009 werd geen nieuwe septische episode waargenomen.
gedurende de periode van drie jaar (2007-2009) werden met behulp van het driedimensionale (3D) systeem van BacT/Alert (bioMérieux, Marcy l ‘ Etoile, Frankrijk) in totaal 22 positieve bloedculturen verkregen, waarbij 21 monsters uit de katheter en één uit een perifere ader werden genomen. Alle culturen leverden grampositieve cocci op die voorkomen in paren, tetraden en clusters die voorlopig werden geïdentificeerd als Micrococcussoorten met basiskenmerken. De kolonies groeiden onder aërobe omstandigheden en leken glad en cirkelvormig met een citroengele tint of crèmekleur op bloedagar. De isolaten waren catalase-positief, oxidase-negatief, gevoelig voor bacitracine en resistent tegen furazolidon. Slechts enkele positieve reacties werden gevonden met de ID 32 stafylokok galerij (bioMérieux), wat Staphylococcus auricularis opleverde met een zwakke kans van 57%. In 2006 en 2007 werd de klinische stam beschouwd als Micrococcus zonder ander onderzoek in het identificatieproces. In 2008 gebruikten we de Vitek 2 ID-GPC kaart (bioMérieux) die kocuria varians opleverde met een duidelijke “excellent” betrouwbaarheidscore (98%). Het bleek slechts een enkele dissonante test (ureum) omdat het negatief bleek voor deze soort, terwijl het positief zou moeten zijn bij 87% van de K. varians isolaten. Om deze dissonante test te verduidelijken en K. varians te bevestigen, gebruikten we 16S rRNA genanalyse. DNA-extractie en 16S rRNA gensequentieanalyse werden uitgevoerd zoals eerder beschreven (16). De procedure werd uitgevoerd op 11 klinische isolaten: vier teruggevonden in 2006, zes in 2008 en één in 2009. Verrassend, toonden alle verkregen opeenvolgingen een volledige identiteit aan die van K. rhizophila gedeponeerd in het gegevensbestand van het genbanknucleotide. De 16S rRNA genvolgorde van het K. rhizophila isolaat vertoonde een gelijkenis van 98% (457/466) met die van het 16S rRNA gen van de K. rhizophila dc22201 stam (GenBank toetreding nr. NC010617) en vertoonde gelijkenis met de sequenties van 10 andere K. rhizophila stammen, waaronder Kovacs ‘ historische type stam K. rhizophila TA68T (GenBank toetreding no. NR_026452; gelijkenis van 99%) en Micrococcus luteus NCTC 2665 (GenBank toetreding nr. NC012803; gelijkenis van 93%). Andere Kocuria-soorten vertoonden een gelijkenis van 451/462 voor kocuria carniphila en 452/467 voor Kocuria marina. Tot slot en onlangs, hebben wij matrijs-bijgestane laserdesorptie ionisatie–tijd van vluchtmassaspectrometrie (MALDI-TOF MS) gebruikt zoals eerder beschreven (6), bevestigend de stam als K. rhizophila. De spectrale profielen van vier klinische isolaten waren identiek aan het spectrale profiel van de stam van het K. rhizophila-type (Fig. 1) en vrij verschillend van de profielen van kocuria kristinae, Kocuria palustris, Kocuria rosea, en kocuria varians, allemaal aanwezig in de Andromas database. With the disk diffusion method, all the isolates were resistant to ciprofloxacin, intermediate to erythromycin, and susceptible to penicillin, gentamicin, amikacin, tobramycin, tetracycline, vancomycin, and teicoplanin, according to EUCAST breakpoints determined for Staphylococcus spp. since there are not breakpoints available for Kocuria spp. With broth microdilution, MICs were 0.03 mg/liter for penicillin, 0.5 mg/liter for gentamicin, 1 mg/liter for amikacin, 2 mg/liter for tobramycin, 8 mg/liter for ciprofloxacin, 4 mg/liter for erythromycin, 0.125 mg/liter for tetracycline, 0.5 mg / liter voor vancomycine en 1 mg / liter voor teicoplanine.
MALDI-TOF ms spectral profiles. Top vier lijnen, vier klinische K. rhizophila isolaten van onze patiënt; laatste lijn, K. rhizophila type stam gebruikt in de Andromas database.
klinische isolaten genotypering met de willekeurig geprimed PCR techniek vereist verlengde ramp tijden, zoals gerapporteerd door Ellinghaus et al. (8). Het werd uitgevoerd op 9 representatieve isolaten van de acht septische episodes en liet hetzelfde patroon zien, wat een klonale K voorstelt. rhizophila stam hersteld gedurende 3 jaar (Fig. 2).
willekeurig geprimed PCR patronen van K. rhizophila stammen. Rijstroken: m, DNA ladder; 1, type stam DSM 11926; 11, K. rhizophila van een andere patiënt (stammen van rijstroken 1 en 11 zijn niet verwant); 2 en 3, twee isolaten uit de eerste septische episode; 4, isoleren van de tweede episode; 5, isoleren van de derde episode; 6, isoleren van de vierde episode; 7, isoleren van de vijfde episode; 8, isoleren van de zesde episode; 9, isoleren van de zevende episode; 10, isoleren van de laatste septische episode; 12, negatieve controle. Banen 2 tot 10 hebben dezelfde patronen, wat wijst op dezelfde spanning.
Micrococcale soorten werden gevonden in stof, bodem, water en voedsel en op de huid en slijmvliezen van mensen en dieren. Leden van deze soortengroepen bleken ook infecties te veroorzaken zoals meningitis, endocarditis en pneumonie, met name bij immuungecompromitteerde patiënten, en infecties gerelateerd aan geïmplanteerde of ingevoegde hulpmiddelen (18, 21, 30). Onder de onlangs gevestigde geslacht Kocuria, gedocumenteerde menselijke gevallen van infecties zijn beperkt. De typesoort K. er is gemeld dat rosea kathetergerelateerde bacteriëmie veroorzaakt (2). Een ander lid van het geslacht, K. kristinae, is ook gemeld om een katheter-gerelateerde bacteriëmie te veroorzaken bij patiënten met eierstokkanker (3) of acute cholecystitis (14). In 2009 werden twee gevallen van peritonitis veroorzaakt door K. marina gemeld door Lee et al. (12). Meer recent, in 2010, Lai et al. (11) gemelde katheter-gerelateerde bacteriëmie en infectieuze endocarditis veroorzaakt door Kocuria sp., terwijl Tsai et al. (27) meldde een K. varians infectie geassocieerd met hersenabces.
Terwijl K. rhizophila is geïsoleerd uit voedsel zoals kaas (7) en kippenvlees (1), Onze Zaak is het tweede rapport van K. rhizophila menselijke infectie na de eerste beschreven door Becker et al. in 2008 (4). Hoewel de bron van onze 3 jaar aanhoudende K. rhizophila stam onduidelijk was, is het mogelijk dat het deel uitmaakte van de huidflora van de patiënt, waardoor het intravasculaire apparaat meerdere malen werd gekoloniseerd. Het langdurige intravasculaire apparaat (3 jaar) verschafte waarschijnlijk een niche voor de persistente K. rhizophila stam, die door het gat in het apparaat terugkerend was. Reparatie van het beschadigde apparaat leek het optreden van een nieuwe septische episode tot nu toe te voorkomen. Het hele personeel van de afdeling wordt nu vaak herinnerd aan de strikte toepassing van het aseptische protocol betreffende het beheer van de centrale veneuze katheters. Momenteel is het kind in goede gezondheid en heeft het altijd vloeibare ontlasting. Parenterale voeding kan worden teruggebracht tot 5 dagen per week.
de ID 32 stafylokok galerij liet geen betrouwbare identificatie van K. toe. rhizophila omdat de database van deze in de handel verkrijgbare diagnostische kit slechts een beperkt aantal micrococcale soorten omvat, die niet de recent beschreven soorten omvatten en niet de taxonomie weerspiegelen die door Stackebrandt et al. (23). De Vitek 2 ID-GP kaart identificeerde dubbelzinnig verschillende Kocuria soorten (K. varians, K. kristinae en K. rosea) maar niet K. rhizophila. Bovendien is een verkeerde identificatie van coagulase-negatieve stafylokokken als Kocuria met behulp van standaard biochemische analyse door het Vitek 2-systeem niet ongewoon, vanwege fenotypische variabiliteit (5). In tegenstelling, was het gebruik van 16S rRNA genanalyse of MALDI-TOF lidstaten adequaat om een nauwkeurige identificatie van K. rhizophila te verkrijgen.
er zijn momenteel weinig gegevens beschikbaar over antimicrobiële gevoeligheid van Kocuria spp. andere microkokken en bovendien is er nog geen algemeen aanvaard therapeutisch regime voor ernstige infecties gedefinieerd. In 1995, von Eiff et al. (29) bepaalde MICs van verschillende geneesmiddelen op 188 micrococcale stammen: MIC90s (mg/liter) rifampine, penicilline, imipenem, ampicilline, clindamycine, cefotaxime, vancomycine/teicoplanine en gentamicine waren respectievelijk ≤0,031, 0.125, 0.125, 0.25, 0.25, 1, 1/1, en 1, terwijl Mic90 ‘ s van amikacine, erytromycine, fosfomycine en fusidinezuur >2 mg/liter waren. In ons geval was de stam gevoelig voor vancomycine en gentamicine, en de combinatie van deze twee geneesmiddelen stond altijd sterilisatie van bloedculturen toe.Als een organisme dat lijkt op microkokken herhaaldelijk wordt geïsoleerd uit bloedculturen, is het belangrijk andere middelen dan de routinematige biochemische systemen te gebruiken, zoals 16S rRNA gensequencing of MALDI-TOF MS, om een nauwkeurige soortidentificatie te verkrijgen. Het wordt ook aanbevolen om de integriteit van intravasculaire hulpmiddelen op lange termijn zorgvuldig te controleren en schade te herstellen om centrale lijnen te redden die moeten worden verwijderd.
toetredingsnummer voor de nucleotidesequentie.
de 16S rRNA-gensequentie van het K. rhizophila-isolaat is bij GenBank ingediend onder nummer jq272742.
