resumo
embora os genomas de mamíferos sejam diplóides, estudos anteriores investigaram extensivamente as arquiteturas médias de cromatina sem considerar as diferenças entre cromossomos homólogos. Geramos Conjuntos de dados Hi-C, ChIP-seq e RNA-seq a partir de células T CD4 de camundongos B6, Cast e híbridos, para investigar a organização da cromatina diplóide e a regulação epigenética. Nossos dados indicam que os padrões de interação inter-cromossômica entre cromossomos homólogos são semelhantes, e a semelhança é altamente correlacionada com seus níveis de coexpressão alélica. A reconstrução do núcleo 3D revelou que as distâncias dos cromossomos homólogos ao centro do núcleo são quase as mesmas. As interações inter-cromossômicas nas extremidades do centrômero são significativamente mais fracas do que as nas extremidades do telômero, sugerindo que elas estão localizadas em diferentes regiões dentro dos territórios cromossômicos. A maioria dos compartimentos A|B ou domínios topologicamente associados (TADs) são consistentes entre B6 e Cast. Verificou-se que 58% dos haploides em híbridos mantêm seu status de compartimento parental em compartimentos divergentes B6/Cast devido ao efeito cis. Cerca de 95% dos compartimentos divergentes B6/Cast transeficados convergem para o mesmo status de compartimento potencialmente devido a um ambiente celular compartilhado. Mostramos que os genes diferencialmente expressos entre os dois haploídeos no híbrido estavam associados a efeitos genéticos ou epigenéticos. Em resumo, nossos dados multi-omics dos camundongos híbridos forneceram informações específicas de haplóides sobre a arquitetura nuclear 3D e um rico recurso para entender melhor a regulação epigenética da expressão gênica específica de haplóides.
