Macklis recebeu um duplo S. B. em Engenharia bioelétrica e Literatura do Massachusetts Institute of Technology. Ele recebeu seu M. D. e Ph. D. em 1984 do Harvard–MIT Program of Health Sciences and Technology (HST), onde foi aconselhado por Richard L. Sidman. Ele completou uma bolsa de pós-doutorado em neurociência do desenvolvimento com Sidman. Macklis treinou clinicamente em Medicina Interna no Brigham and Women’s Hospital (BWH) e em Neurologia adulta no Programa de treinamento neurológico Harvard-Longwood.Macklis estabeleceu pela primeira vez seu laboratório na Divisão de Ciências Básicas de Neurociências do Hospital Infantil De Boston (BCH). Em 2002, mudou-se para o Massachusetts General Hospital (MGH), onde foi diretor fundador do MGH-HMS Center for Nervous System Repair (2002-2011). Ele também co-dirigiu o programa de doença de Parkinson e distúrbios relacionados no BWH.Em 2004, Macklis fundou o programa de Neurociência / doenças do sistema nervoso no Harvard Stem Cell Institute da Universidade de Harvard, que dirigiu até 2013. Em 2007, Macklis foi nomeado Professor Max e Anne Wien de Ciências da vida. Seu laboratório mudou-se fisicamente para Cambridge, MA em 2011. Ele é membro do corpo docente dos programas de pós-graduação em neurociência de Harvard; Ciências Biológicas e Biomédicas; Biologia do desenvolvimento e regenerativa; e moléculas, células e organismos; bem como o programa HST Harvard-MIT.Macklis tornou-se um distinto investigador do Paul G. Allen Frontiers Group em 2015. Ele se tornou um investigador da Simons Foundation Autism Research Initiative (SFARI) em 2017.
