Junying Yuan estabeleceu um laboratório independente no Hospital Geral de Massachusetts, afiliado a Harvard, em 1989, imediatamente após a conclusão de seu doutorado. Seus esforços iniciais foram direcionados para fornecer evidências para o papel funcional das caspases na mediação da apoptose de mamíferos. Seu trabalho independente nesta fase forneceu os primeiros insights sobre mecanismos moleculares na apoptose de mamíferos, o que contribuiu significativamente para o Prêmio Nobel de Química ganho por seu supervisor de Doutorado, Robert Horvitz.Em 1996, Yuan mudou seu laboratório para o Departamento de Biologia Celular no Longwood campus da Harvard Medical School, onde continuou sua investigação sobre a morte celular. Seu trabalho aprofundou-se na morte celular programada e revelou uma ampla coorte de proteínas envolvidas na regulação e consequências da apoptose. Alguns trabalhos notáveis incluem sua descoberta de que a clivagem por caspase-8 medeia o dano mitocondrial na apoptose e sua descoberta do papel da caspase-11 na regulação da inflamação causada pela caspase-1.Em 2005, o grupo de Yuan descobriu uma forma não apoptótica de morte celular necrótica programada, que eles chamaram de “necroptose”. Outros grupos, observaram que a estimulação do Fas/TNFR família de morte-domínio receptores(DR) activado um canônica apoptótico caminho; no entanto, em muitos tipos de células, não somente inibição da caspase falhar para inibir a morte celular, como seria de esperar da canonical apoptose, mas estimulado células experimentado uma forma de morte celular que mais se assemelhava a necrose de apoptose. O grupo de Yuan conduziu uma tela química que identificasse uma molécula pequena capaz de inibir a morte de pilha DR-conduzida, necrostatin-1, e demonstrasse o papel de necroptosis no ferimento neuronal isquêmico, assim postulando um papel potencial para necrostatin-1 no tratamento do curso. Seu grupo então identificou RIPK1 como o alvo da necrostatina-1, implicando-o assim como um jogador-chave na necroptose.
Yuan passou a identificar e caracterizar membros da rede de sinalização responsável pela regulação da necroptose, e continua a elucidar os mecanismos da necroptose enquanto explora seu potencial como alvo de intervenção terapêutica. A necrose foi anteriormente considerada uma forma de morte celular passiva, forçada em resposta ao estresse. Essa crença levou a uma aversão ao desenvolvimento de aplicações terapêuticas visando a necrose. Ao demonstrar uma forma de necrose programada, o trabalho de Yuan revelou novas vias de tratamento para uma coorte cada vez maior de doenças onde a necroptose está implicada. Em 2019, os inibidores de moléculas pequenas do RIPK1 avançaram além dos ensaios clínicos humanos de fase I para o tratamento de várias doenças inflamatórias e neurodegenerativas, incluindo esclerose lateral amiotrófica (ela), doença de Alzheimer, artrite reumatóide, psoríase e doença de Crohn.