Kekkei genkai (literally; literalmente significando “uma técnica limitada à herança por sangue” ou” limite de linhagem”) são habilidades transmitidas geneticamente em clãs específicos. É possível que um ninja tenha mais de uma dessas habilidades. As habilidades de Kekkei genkai que funcionam através do olho do usuário são chamadas de dōjutsu. Outros Kekkei genkai incluem misturar um tipo de chakra elementar com outro, criando um novo exclusivo para os usuários, o que geralmente é impossível para ninja normal.
Kekkei genkai e suas técnicas relacionadas não podem ser ensinadas ou copiadas por outras pessoas. No entanto, Kekkei genkai pode ser dado a outros. Dōjutsu, ou outro Kekkei genkai isolado em um único órgão, pode ser transplantado para o corpo de outro. O uso desses órgãos requer muito mais chakra do que alguém nascido com o Kekkei genkai. Os elementos do Chakra também podem ser transmitidos a pessoas fora do Clã, passando por uma re-modificação do DNA para adquirir a técnica de liberação. No entanto, a habilidade das pessoas em usá-lo não seria tão poderosa quanto o praticante original.
embora os Kekkei genkai sejam geralmente geneticamente compartilhados dentro de um clã específico, às vezes é exclusivo para uma pessoa sozinha, e que mesmo parentes da família não o compartilham. No entanto, outros Kekkei genkai parecem aparecer em indivíduos sem relação conhecida, como o Lava Release, que apareceu em ninja de Kirigakure, Iwagakure e Kumogakure, enquanto Magnet Release, que apareceu em ninja de Kumogakure e Sunagakure.