Khizr Khoja assumiu o trono de Moghulistan após a derrota de Qamar-ud-din Khan Dughlat por Timur em 1390.
Tarikh-i-Rashidi por Mirza Muhammad Haidar Dughlat diz que Tughluk Timur Khán, filho mais novo foi Khizir Khwája Khán, e que, enquanto ele ainda estava em seu peito da mãe, ele foi salvo da crueldade e a inimizade de Kamaruddin por Mir Ághá, a mãe de Amir Khudáidád. Quando a criança completou doze anos, seus amigos, ainda temendo Amir Kamaruddin, o levaram de Káshghar.Amir Khudáidád queria enviar alguns homens de confiança com ele, mas Mir Ághá se opôs a esse plano, dizendo: “NÃO envie nenhum de seus próprios servos, pois quando o menino se tornar Khán, as pessoas nascidas na base se tornarão influentes e, em seguida, eles provarão inimigos para você e seus filhos. Eles imaginarão que o povo não lhes paga respeito suficiente, mas dizem entre si: ‘Estes são apenas servos.”Por esta razão, em vez de enviar os outros do que seus próprios retentores—enviar estranhos.”Então doze homens foram enviados, e cada um eventualmente se tornou um Amir. Muitos de seus descendentes estão vivos agora. Entre o seu número foi Arjirák, de quem são descendentes os Emires do Itárji; Tájri de Khwárizm, de quem são surgiram os Emires de Kunji; enquanto o outro era da tribo de Chálish Siádi ; e os seus filhos também se tornaram Emires, com o estilo de Kushji, mas eles também são chamados de Kukildásh.
eles levaram Khizir Khwája Khán até as colinas que ficam entre Badakhshán e Káshghar. Mas os espiões de Kamaruddin receberam notícias de seu esconderijo, então ele o abandonou e fugiu para as colinas de Khotan. Temendo a descoberta, ele foi para Sárigh Uighur, Jurján e Lob Katak, onde permaneceu por doze anos. Com a morte de Kamaruddin, foi feita uma busca por Khizir Khwája Khán, e Amir Khudáidád enviou para ele de onde ele estava escondido. Assim que ele foi trazido, Khudáidád convocou o povo e o criou para o Khánship. Assim veio o esplendor do Khán para iluminar a soberania dos Moghuls, de modo que os assuntos de Moghulistán prosperaram. O Khán então concluiu uma paz com Amir Timur, que formou uma aliança com ele casando-se com Tavakkul Khánim, uma donzela do Haram real.