Kocuria rhizophila DC2201(= NBRC 103217)

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solo actinomyces Kocuria rhizophila é um quarto, gram-positivos bactéria. Pertence à família Micrococcaceae na subordem Micrococcineae, um grupo bacteriano divergente para o qual apenas uma quantidade limitada de informações genômicas está disponível atualmente. O tipo de tensão de K. rhizophila (DSM 11926T) foi isolado da rizosfera da cauda de gato de folha estreita (Typha angustifolia). O gênero Kocuria foi criado a partir do gênero Micrococcus com base na dissecção filogenética e quimiotaxonômica do gênero Micrococcus. Os membros do gênero Kocuria foram isolados de uma ampla variedade de fontes naturais, incluindo pele de mamíferos, Solo, rizosfera, alimentos fermentados, espécimes clínicos, água doce e sedimentos marinhos. K. rhizophila ATCC 9341, anteriormente Micrococcus luteus, é designada como uma cepa de controle de qualidade em várias aplicações, incluindo ensaios de suscetibilidade para uma variedade de antibióticos. K. rhizophila DC2201 (= NBRC 103217) foi derivado do IFO 12708 e caracterizado como uma cepa que exibe tolerância a uma ampla variedade de solventes orgânicos. O pequeno tamanho do genoma, a capacidade de crescer rapidamente e em alta densidade celular, e a robustez das células em diferentes condições de crescimento seria altamente vantajoso para o desenvolvimento de bactérias bioconversion sistema que poderia ser usado sob condições adversas, como em solventes orgânicos.

Sequenciamento e anotação do genoma de K. rhizophila DC2201 (= NBRC 103217) revelou um único cromossoma circular (2,697,540 bp; G+C de conteúdo de 71.16%), contendo 2,356 previsto genes codificadores de proteínas. A maioria das proteínas previstas (87.7%) eram ortólogos às proteínas actinobacterianas, e o genoma mostrou bastante boa sintenia com genomas actinobacterianos taxonomicamente relacionados. Por outro lado, o genoma parece codificar muito menor quantidade de proteínas necessárias para o metabolismo secundário (uma de cada nonribosomal peptídeo sintetase e tipo III polyketide sintase), transcrição regulamento e transferência lateral de genes, refletindo o pequeno tamanho do genoma. A presença de prováveis vias metabólicas para a transformação de compostos fenólicos, gerado a partir da decomposição de material vegetal, e a presença de um grande número de genes associados com membrana de transporte, principalmente de aminoácidos transportadores de drogas e bombas de efluxo, pode contribuir para o organismo utilização de exsudados de raiz, bem como a tolerância a vários compostos orgânicos.

este trabalho foi realizado como parte do projeto “desenvolvimento de uma infraestrutura tecnológica para Bioprocessos industriais” da nova organização de desenvolvimento de energia e Tecnologia Industrial (NEDO), Japão.

Foto
Dr. Tamura (NBRC, NITE)

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