Kraken2

2020/12 atualize

consulte a wiki do Kraken 2 Github para obter todas as atualizações em andamento. Estamos no processo de mover todas as informações/links relevantes para a página Wiki do Github. Obrigado pela sua paciência.

em setembro de 2020, criamos um site da Amazon Web Services para hospedar muitos dos índices Kraken2 mais usados, disponíveis em https://github.com/BenLangmead/aws-indexes. O KrakenTools é um conjunto de scripts para auxiliar na análise dos resultados do Kraken. KrakenTools é um projeto em andamento liderado por Jennifer Lu. Consulte a página do KrakenTools para obter mais detalhes.

sobre Kraken 2

Kraken 2 é a versão mais recente do Kraken, um sistema de classificação taxonômica usando correspondências K-mer exatas para alcançar alta precisão e velocidades de classificação rápidas. Este classificador corresponde a cada K-mer dentro de uma sequência de consulta ao ancestral comum mais baixo (LCA) de todos os genomas contendo o K-mer fornecido. As atribuições k-mer informam o algoritmo de classificação. . O Kraken 2 fornece melhorias significativas para o Kraken 1, com tempos de compilação de banco de dados mais rápidos, tamanhos de banco de dados menores e velocidades de classificação mais rápidas. Essas melhorias foram alcançadas pelas seguintes atualizações do Programa de classificação Kraken:

1. armazenamento de minimizadores: em vez de armazenar/consultar k-mers inteiros, a Kraken 2 armazena minimizadores (l-mers) de cada K-mer. O comprimento de cada l-mer deve ser ≤ o comprimento k-mer. Cada K-mer é tratado por Kraken 2 como se seu LCA fosse o mesmo que o LCA de seu minimizador. Introdução de sementes espaçadas: Kraken 2 também usa sementes espaçadas para armazenar e consultar minimizadores para melhorar a precisão da classificação.
2. Estrutura Do Banco De Dados: Enquanto Kraken 1 salvou uma lista indexada e classificada de pares k-mer/LCA, Kraken 2 usa uma tabela hash compacta. Esta tabela hash é uma estrutura de dados probabilística que permite consultas mais rápidas e requisitos de memória mais baixos. No entanto, essa estrutura de dados tem uma chance <1% de retornar o LCA incorreto ou retornar um LCA para um minimizador não inserido. Os usuários podem compensar essa possibilidade usando os limites de pontuação de confiança da Kraken.
3. bancos de dados de proteínas: Kraken 2 permite bancos de dados construídos a partir de sequências de aminoácidos. Quando consultado, Kraken 2 executa uma pesquisa traduzida de seis quadros das sequências de consulta contra o banco de dados.
4. bancos de dados 16s: Kraken 2 também fornece suporte para Bancos de dados não baseados na taxonomia do NCBI. Atualmente, estes incluem os bancos de dados 16s: Greengenes, SILVA e RDP.