eu também possuo um Pixelbook e escrevo regularmente código Java. A sugestão dada por u / Yithar é boa e eu faço exatamente isso. Acho que só queria dar alguns conselhos mais específicos.
eu instalei o Ubuntu 16.04 através do crouton. Ao fazer isso, você tem a opção de escolher entre três ambientes de desktop: xfce, gnome e unity. (Acredito que há mais opções, mas acho que essas três são as mais comuns.) O Pixelbook parece ter um problema com o xfce, onde há atraso de entrada com o teclado e o trackpad. Eu instalei o ambiente de desktop gnome e não tenho nenhum problema. Eu só tive outro problema que é descrito (e resolvido) neste tópico.
quando você está programando em Java no Ubuntu, há uma escolha a fazer; você tem que escolher entre o JDK lançado pela Oracle ou a versão de código aberto. A versão de código aberto é muito mais fácil de instalar e é isso que recomendo se seus professores não se importarem. Tudo o que é preciso é sudo apt-get install default-jdk
e pronto. É claro que você também pode instalar qualquer um dos vários IDE (ou usar a linha de comando, se for isso que você preferir).