em meados da década de 1610, Shah Abbas I renovou seu esforço para trazer a Geórgia mais completamente para o Império Safávida e sujeitou Kakheti a repetidas invasões em 1614, 1615 e 1616. Em uma série de insurreições georgianas e represálias iranianas, sessenta a setenta mil pessoas foram mortas e mais de cem mil camponeses Kakhetianos foram deportados à força para o Irã. A população de Kakheti caiu em dois terços; cidades outrora florescentes, como Gremi e Zagemi, encolheram para aldeias insignificantes; a agricultura diminuiu e o comércio parou.: 50-51 em 1648, o incansável Taimuraz havia finalmente sido expulso de Kakheti. O governo Safávida reforçou seu controle sobre Kakheti, implementou uma política de substituição da população nativa por tribos turcas nômades. Ao mesmo tempo, os montanhistas do Daguestão começaram a atacar e colonizar as marchlands Kakhetianas.
em 1659, os Kakhetianos encenaram uma revolta geral, frustrando os planos Safávidas de estabelecer dezenas de milhares de Turcomanos em Kakheti. No entanto, Kakheti permaneceu sob o controle político do Irã; os três líderes aristocráticos da revolta se renderam e foram executados. Alguns anos depois, Vakhtang V Shah-Nawaz, um muçulmano Georgiano rei/vali de Kartli, conseguiu obter a permissão do Xá para instalar seu filho Archil como rei/vali em Kakheti. Por um tempo, os dois reinos do leste da Geórgia foram virtualmente Unidos sob Shah-Nawaz e seu filho, e um período de relativa paz se seguiu. Fazendo da cidade de Telavi sua capital, no lugar de Gremi, que foi arruinada pelas invasões iranianas, Archil decidiu implementar um programa de reconstrução. No entanto, a situação promissora foi de curta duração. Archil ascensão no Kakheti marcou o início de uma rivalidade entre os dois Bagrationi ramos – o Mukhrani, para que Archil pertencia, e a Casa de Kakheti, terra da coroa, na pessoa de Teimuraz I. Desta última casa finalmente conseguiu, à custa de sua apostasia para o Islã, em restabelecendo-se, em 1703, e decidiu, agora, no prazer de seu Safavid suzerains. Isso provou ser de pouco benefício, no entanto, e o Reino continuou a ser atormentado pelas incursões incessantes do Daguestão.De 1724 a 1744, Kakheti foi submetido às sucessivas ocupações otomanas e iranianas. No entanto, o serviço prestado pelo Príncipe Kakhetian Teimuraz II A Nader Shah do Irã na luta contra os otomanos resultou na anulação de pesados tributos pagos por Kakheti à corte Iraniana em 1743. Em 1744, como recompensa por sua lealdade, Nader concedeu a realeza de Kartli a Teimuraz II e a de Kartli a seu filho Erekle II. ambos os monarcas foram coroados de acordo com uma tradição cristã em 1745. Eles exploraram a turbulência no Irã que se seguiu ao assassinato de Nader em 1747 e se estabeleceram como governantes virtualmente independentes. Seu governo ajudou a estabilizar o país; a economia começou a reviver e os ataques do Daguestão foram reduzidos, mas não eliminados. Quando Teimuraz morreu em 8 de janeiro de 1762, Erekle o sucedeu, unindo assim a Geórgia oriental como um único Estado pela primeira vez em quase três séculos, na forma do Reino de Kartli-Kakheti.