Todo-Sequências do Genoma de Cinco Cepas de Kocuria rosea, NCTC2676, NCTC7514, NCTC7512, NCTC7528, e NCTC7511

EDITAL

Kocuria rosea é uma organização não-esporo-formando, aeróbica, oxidase-negativos, catalase-positivos, Gram-positivos quarto bactéria que cresce como circular, lisa, rosada colônias em agar nutriente. Este organismo é tradicionalmente conhecido como saprófita e comumente existe no ambiente natural (solo, água e ar) (1). K. rosea também é um Comensal da pele humana e da orofaringe e é muito raramente um patógeno humano, embora devido à potencial identificação incorreta e micrococos sendo considerados contaminantes, seu papel na infecção pode ser subestimado (2). K. rosea foi descrito como um patógeno oportunista; sabe-se que causa doença relacionada a dispositivos médicos no imunocompetente e naqueles com condições subjacentes, e tem sido implicada em casos isolados de infecção do trato urinário, bacteremia, endocardite e peritonite naqueles submetidos à diálise peritoneal (3-6). As técnicas de identificação fenotípica e bioquímica podem não identificar corretamente K. rosea, e métodos de identificação baseados no genoma podem ser necessários para construir um quadro mais completo da doença causada por este organismo (2). Atualmente, existem apenas três sequências de genoma de rascunho disponíveis para cepas de K. rosea. Aqui, relatamos sequências genômicas adicionais de cinco cepas depositadas na Coleção Nacional de culturas de tipo (NCTC). Três desses genomas foram reunidos em um único contig.

devido à natureza histórica das cepas sequenciadas neste estudo, a disponibilidade de metadados é limitada. Os registros do NCTC destacam que todas as cinco cepas foram isoladas antes de 1949. Notavelmente, todos eles estão listados em um estudo realizado no NCTC no final dos anos 1940, cujo objetivo era fornecer um sistema de classificação ubiquamente útil para cocos Gram-positivos catalase-positivos aeróbios examinando 431 cepas para características morfológicas, características bioquímicas e sensibilidade a dois bacteriófagos (7). Sabe-se também que nctc7512, nctc7514 e nctc7528 já fizeram parte da coleção Kral, uma das primeiras coleções de cultura microbiana do mundo que operou de 1890 a 1911.

as cinco cepas NCTC foram recuperadas de ampolas liofilizadas, cultivadas em ágar nutriente e incubadas a 37°C por 48 h. O DNA genômico foi extraído das culturas puras usando o kit QIAGEN midi e uma ponta genômica de 100/G (Manchester, Reino Unido). O sequenciamento do genoma inteiro (WGS) foi realizado usando a plataforma Pacific Biosciences (PacBio) RS II. O DNA foi cortado para 15 kb, seguido pela preparação de uma biblioteca de 10 kb a 20 kb e sequenciamento utilizando química C4/P6.

as leituras de sequência foram montadas usando HGAP v3 do software de análise SMRT v2.3.0 (8). A cobertura de dobra para o alvo ao escolher o comprimento mínimo do fragmento para montagem foi definida como 30, e o tamanho aproximado do genoma foi definido como 3 Mbp. A montagem foi circularizada utilizando o Circlator v1. 1. 3 (9). Finalmente, o conjunto circularizado foi polido usando o protocolo PacBio RS_Resequencing e Quiver v1 do software de análise SMRT v2.3. 0. A anotação automatizada foi realizada usando Prokka v1. 5 e um banco de dados específico do gênero de RefSeq (10). As estatísticas resumidas dos genomas das cinco cepas são mostradas na Tabela 1.