Abstract
deși genomii mamiferelor sunt diploizi, studiile anterioare au investigat extensiv arhitecturile medii ale cromatinei fără a lua în considerare diferențele dintre cromozomii omologi. Am generat Seturi de date Hi-C, ChIP-seq și ARN-SEQ din celulele T CD4 ale șoarecilor B6, Cast și hybrid, pentru a investiga organizarea cromatinei diploide și reglarea epigenetică. Datele noastre indică faptul că modelele de interacțiune inter-cromozomiale dintre cromozomii omologi sunt similare, iar similitudinea este foarte corelată cu nivelurile lor de coexpresie alelică. Reconstrucția nucleului 3D a arătat că distanțele cromozomilor omologi până la centrul nucleului sunt aproape aceleași. Interacțiunile inter-cromozomiale la capetele centromerilor sunt semnificativ mai slabe decât cele de la capetele telomerilor, sugerând că acestea sunt situate în diferite regiuni din teritoriile cromozomiale. Majoritatea compartimentelor A / B sau a domeniilor asociate topologic (Tad) sunt consistente între B6 și Cast. Am constatat că 58% dintre haploizi la hibrizi își mențin statutul de compartiment parental la compartimentele divergente B6/Cast datorită efectului cis. Aproximativ 95% din compartimentele divergente B6/Cast efectuate trans converg la aceeași stare a compartimentului, posibil din cauza unui mediu celular comun. Am arătat că genele exprimate diferențiat între cele două haploide din hibrid au fost asociate fie cu efecte genetice, fie epigenetice. Pe scurt, datele noastre multi-omice de la șoarecii hibrizi au furnizat informații specifice haploidelor despre arhitectura nucleară 3D și o resursă bogată pentru înțelegerea în continuare a reglementării epigenetice a expresiei genelor specifice haploidelor.
