o clasificare lingvistică tradițională a limbilor Khoisan din Africa de Sud le împarte în trei grupuri efectiv independente: Nord, Central și sudic. Sandawe din Tanzania are o relație îndepărtată cu grupul Central, dar locul Hadza chiar și în raport cu Sandawe a fost întotdeauna neclar; iar statutul Kwadi, o limbă dispărută a Namibe (fostă Mo-Centimede) în sud-vestul Angolei, rămâne incert. Kwadi poate fi foarte îndepărtat legat de Grupul Khoe. În cadrul fiecărui grup se găsesc limbi și dialecte mai mult sau mai puțin strâns legate cu trăsături gramaticale sau lexicale distincte, dar între grupuri există diferențe lingvistice pronunțate. Într-o subdiviziune mai rafinată a limbilor, adjectivele geografice sunt înlocuite cu numele pentru ‘persoană’ în fiecare grup major de limbi, astfel încât Ju înlocuiește nordul, Khoe înlocuiește centrul și !Kwi și Taa se extind spre sud.
dialectele Ju !X 000 sunt vorbite de aproximativ 11.000 de persoane, în principal în nord-estul Namibiei și în părțile adiacente ale Ngamilandului din Botswana; De asemenea, pot exista câțiva vorbitori în sudul Angolei. Limbile Khoe—în special grupul Khoekhoe, format din Nama (numit oficial Khoekhoegowab) din Namibia, cu aproximativ 230.000 de vorbitori și !Ora și Gri (ambele dispărute) din Africa de Sud—sunt cele mai numeroase. Majoritatea limbilor și dialectelor Khoe rămase din grupul Non-Khoekhoe (NKK), care cuprinde în total aproximativ 66.000 de vorbitori, se găsesc în întreaga Botswana de Vest, Centrală și de Nord. Dintre așa-numitele limbi occidentale NKK, Naro este vorbit în vest (cu câțiva vorbitori în părțile adiacente ale Namibiei), | GUI și centigana sunt vorbite în zona vest-centrală, iar Buga și centigani sunt vorbite la nord în delta Okavango. (Kxoe, care este strâns legat de acesta din urmă, se găsește în Fâșia Caprivi, Namibia și de-a lungul râului Kwando din sud-estul Angolei.) Grupurile de limbi Shua și Tshua sunt vorbite în părțile de Est ale Botswanei. Dialectele Taa ale grupului sudic, constând din soiuri strâns legate de !X, sunt vorbite de mai puțin 2,500 oameni din sud-vestul Botswana (click aici pentru un clip audio Al!X limba engleză). Pe cale de disparitie !Dialecte Kwi din grupul de Sud, cum ar fi |xam, xixxegwi, xixtng, și / ‘Auni, au fost vorbite în Africa de Sud; del !Dialecte Kwi, numai că se vorbește în continuare de un număr de persoane din Provincia Northern Cape (faceți clic aici pentru un clip audio al limbii inktokhomani). O limbă din sud-estul Botswanei, cu mai puțin de 100 de vorbitori, împărtășește caracteristici atât cu grupurile din sud, cât și cu cele din Ju. În Africa de Est, Sandawe este vorbit de 70.000 de oameni în Tanzania la nord-vest de Dodoma, iar Hadza este vorbit de aproximativ 800 în nord-centrul Tanzaniei, lângă Lacul Eyasi. Click aici pentru un clip audio al limbii | Gui și aici pentru un clip de Ju.
ipoteza unei relații genetice între toate aceste limbi duce la postularea unei familii Macro-Khoisan reprezentată sub forma arborelui genealogic. Linia punctată care leagă Hadza de rădăcină reflectă incertitudinea cu privire la apartenența sa la familie, iar alinierea ramurilor separate ale lui Sandawe și Kwadi alături de Grupul Khoe prezintă o conexiune posibilă, dar îndepărtată, între aceste ramuri. Dovezile pentru un subgrup de limbi Khoisan din Africa de Sud înrudite genetic în copac sunt, totuși, foarte subțiri și de o calitate atât de inegală încât realitatea unei familii Macro-Khoisan a fost pusă la îndoială. Metodele convenționale de comparație lingvistică aplicate între principalele grupuri ale limbilor Khoisan nu au reușit să producă corespondențe sonore regulate, ceea ce ar permite reconstrucția rădăcinilor comune; iar inovațiile comune în structura gramaticală, care sunt considerate cea mai bună sursă de dovezi pentru postularea relațiilor lingvistice sunt, frustrant, absente. Tabelul ilustrează această problemă cu câteva cuvinte de bază din principalele subdiviziuni. Impresia copleșitoare este de diferențe radicale între grupuri. Cuvântul pentru ‘bivol’ arată legătura lui Sandawe cu grupul Khoe, dar forma similară din Ju este cel mai probabil o împrumut de la o limbă khoe vecină, mai degrabă decât o formă moștenită de la un strămoș comun. Asemănarea dintre Khoe și !X formularele pentru ‘băutură’ și ‘râs’ indică posibile corespondențe sonore între vocale și consoane, dar această similitudine nu se extinde la alte cuvinte din cele două grupuri. Diferențele congruente dintre formele Ju pentru ‘băutură’ și ‘ râs ‘ pe de o parte și Khoe/!Pe de altă parte, formele X-X sunt intrigante, dar, pentru că nu reușesc să generalizeze, ele rămân doar tentante. În cele din urmă, comparațiile lingvistice au dus la mult prea puține corespondențe rezonabile pentru a stabili relații de familie sigure între limbi.
o abordare diferită a problemei explorării relațiilor lingvistice implică comparații în masă ale cuvintelor între limbile din diferitele grupuri. Permițând o anumită flexibilitate în asocierea semnificațiilor și cuvintelor, mai degrabă decât insistând pe corespondențe semantice strânse și reguli de schimbare a sunetului, această tehnică a dat unele asemănări sugestive, câteva dintre ele extinzându-se chiar dincolo de limbile Khoisan la limbile din familia Niger-Congo. Atunci când astfel de cazuri implică clicuri în cuvinte Khoisan corespunzătoare nonclicks în cuvinte Niger-Congo, problema greu de rezolvat de clic geneza și faceți clic pe pierdere apare. Este posibil ca eșecul de a demonstra în mod convingător relațiile lingvistice Khoisan să fie o funcție a limitărilor metodelor convenționale și a altor metode comparative de a pătrunde în marea adâncime de timp care separă grupurile.