în decembrie 1990, primele alegeri libere germane de la perioada nazistă au conferit o majoritate extinsă coaliției lui Kohl. După 45 de ani de diviziune, Germania a fost din nou Unită, iar în anul următor Kohl a ajutat la negocierea Tratatului privind Uniunea Europeană, care a stabilit Uniunea Europeană (UE) și a deschis calea introducerii euro, moneda unică a UE, până la sfârșitul deceniului.
realizarea unificării Naționale a fost curând umbrită de o serie de dificultăți, unele din cauza problemelor structurale din economia europeană, altele din cauza costurilor și consecințelor unificării în sine. La fel ca majoritatea restului Europei, Germania în anii 1990 s-a confruntat cu o concurență globală crescută, cu costurile în creștere ale elaboratului său sistem de asistență socială și cu șomajul încăpățânat, în special în sectorul său industrial tradițional. Cu toate acestea, s-a confruntat și cu cheltuielile suplimentare uluitoare de unificare a Estului și a Occidentului. Aceste cheltuieli au fost cu atât mai neliniștitoare, deoarece erau aparent neașteptate. Kohl și consilierii săi au făcut puțin pentru a pregăti contribuabilii germani pentru costurile unificării, în parte pentru că se temeau de potențialele consecințe politice, dar și pentru că au fost ei înșiși surprinși de amploarea sarcinii. Miezul problemei a fost starea economiei est-germane, care a fost mult mai rea decât a realizat sau admis cineva. Doar o mână de firme din est ar putea concura pe piața mondială; cele mai multe au fost extrem de ineficiente și, de asemenea, distructive pentru mediu. În consecință, fosta economie est-germană s-a prăbușit, sute de mii de estici s-au confruntat cu șomajul, iar estul a devenit puternic dependent de subvențiile federale. În același timp, infrastructura—drumuri, linii feroviare, telefoane și altele asemenea—a necesitat investiții masive de capital pentru a oferi baza creșterii economice viitoare. Pe scurt, promisiunea prosperității imediate și a egalității economice, pe care s-a bazat procesul rapid și relativ nedureros de unificare, s-a dovedit a fi imposibil de îndeplinit. Șomajul, dislocarea socială și dezamăgirea au continuat să bântuie noul secol mai mult de un deceniu după căderea Zidului Berlinului.
decalajul economic persistent dintre Est și vest a fost doar una dintre mai multe dificultăți care au participat la unificare. Nu este surprinzător că mulți estici s-au supărat pe ceea ce au considerat a fi aroganța și insensibilitatea Occidentală. Termenii Wessi („occidental”) și Ossi („Estic”) au ajuns să implice abordări diferite ale lumii: fosta competitivă și agresivă, produsul a ceea ce germanii numesc „societatea cotului”Occidentului; acesta din urmă pasiv și indolent, produsul securității sufocante a regimului comunist. PDS a devenit vocea politică a nemulțumirilor estice, cu un sprijin puternic, dacă este localizat, în unele dintre noile l-uri. Mai mult, Uniunea populară germană neofascistă (Deutsche Volksunion), condusă de editorul milionar Gerhard Frey, a obținut un sprijin semnificativ în rândul masei de lucrători șomeri din estul Germaniei. Pe lângă resentimentele și deziluzia față de unificare pe care mulți estici și unii occidentali le-au simțit, a existat și problema împăcării cu moștenirile lăsate de 40 de ani de dictatură. Germania de Est a dezvoltat un aparat de securitate mare și eficient (Stasi), care a angajat o rețea largă de informatori profesioniști și amatori. Pe măsură ce dosarele acestei organizații au început să fie făcute publice, germanii din est au descoperit că mulți dintre cei mai proeminenți cetățeni ai lor, precum și unii dintre prietenii, vecinii și chiar membrii familiei lor, fuseseră pe statul de plată Stasi. Acceptarea acestor dezvăluiri—din punct de vedere legal, politic și personal-a adăugat tensiunea deceniului postunificării.
în ciuda problemelor la unificare, precum și a unei serii de scandaluri în propriul său partid, Kohl a obținut o victorie restrânsă în 1994. În 1996 a depășit recordul lui Adenauer ca cel mai longeviv cancelar German de la Bismarck. Cu toate acestea, popularitatea sa a scăzut în mod clar. Din ce în ce mai intolerant la critici în cadrul propriului partid, Kohl a suferit o înfrângere umilitoare atunci când prima sa alegere pentru președinție a fost respinsă. În schimb, Roman Herzog, președintele Curții Constituționale Federale, a fost ales în Mai 1994 și și-a îndeplinit îndatoririle în mod eficient și grațios. Pe măsură ce Germania se pregătea pentru alegerile din 1998, economia sa se clătina—șomajul a depășit 10% și a fost dublu față de cea din mare parte a Germaniei de Est—iar unii membri ai partidului lui Kohl sperau deschis că se va retrage în favoarea unui nou candidat; în schimb, cancelarul a candidat din nou și coaliția sa a fost învinsă, punând capăt Cancelariei sale de 16 ani. Kohl a fost înlocuit în funcția de cancelar de Gerhard Schr, liderul pragmatic și fotogenic al SPD, care a format o coaliție cu Partidul Verde.