Janet Gyatso este un specialist în studii budiste cu accent pe tibetană și Asia de Sud istorie culturală și intelectuală. Cărțile ei includ „aparițiile Sinelui: autobiografiile secrete ale unui vizionar Tibetan”; „în oglinda memoriei: reflecții asupra atenției și amintirii în Budismul Indian și Tibetan”; și „femeile din Tibet”. Ea a finalizat recent o nouă carte, „a fi om într-o lume budistă: O istorie intelectuală a medicinei în Tibetul modern Timpuriu” (Columbia University Press, 2015), care se concentrează asupra modernităților timpurii alternative și a conjuncțiilor și disjuncturilor dintre epistemologiile religioase și științifice din medicina tibetană în secolele XVI–XVIII. De asemenea, a scris despre sex și gen în monahismul budist și despre actuala mișcare de hirotonire feminină din budism. Subiectele anterioare ale bursei sale au inclus revelația vizionară în budism; descendență, memorie și autor; filosofia experienței; și scris autobiografic în Tibet.
Gyatso a fost președinte al Asociației Internaționale de studii tibetane din 2000 până în 2006 și co-președinte al secțiunii Budism a Academiei Americane de religie din 2004 până în 2010. Predă cursuri și seminarii avansate despre istoria, ritualul și ideile budiste și despre practicile literare tibetane și istoria religioasă. Atât în predare, cât și în scris, ea se bazează pe teoria culturală și literară și se străduiește să lărgească spectrul resurselor intelectuale pentru înțelegerea istoriei budiste și tibetane. Este membră a Comitetului Facultății de Arte și științe pentru studiul religiei, Departamentul de limbi și civilizații din Asia de Est și Comitetul pentru Studii Asiatice și altaice interioare și participă activ la forumul de studii budiste Harvard. Ea este, de asemenea, implicată în dezvoltarea unei noi piste pentru formarea miniștrilor și liderilor budiști laici în programul master of divinity de la Harvard Divinity School (HDS).
Gyatso a predat la Colegiul Amherst înainte de a veni la Harvard ca primul profesor Hershey de studii budiste al școlii divinității. În iulie 2014 a devenit decan asociat HDS pentru facultate și afaceri academice.