Lathrop a participat la Colegiul Vassar, absolvind în 1880. În următorii 10 ani a lucrat în biroul de avocatură al tatălui ei și s-a interesat de diferite mișcări de reformă. În 1890 s-a mutat la Chicago și s-a alăturat Jane Addams la noua așezare Hull House. În iulie 1893, la numirea guvernatorului John P. Altgeld, a ocupat un loc în Consiliul de caritate din Illinois. A fost prima ei ocazie de a întreprinde un fel de muncă dificilă, detaliată și devotată cu pasiune care avea să-i caracterizeze cariera. Lathrop a început imediat o inspecție personală a tuturor celor 102 case de pomană și ferme județene din stat. Ea a întrerupt acea lucrare în timpul iernii 1893-94 pentru a face o inspecție a instituțiilor de caritate județene din județul Cook. Descrierile ei stricte despre infirmeria, azilul și alte instituții din județul Cook au fost tipărite ca un capitol în Hull-House Maps and Papers (1895). Lathrop a fost deosebit de deranjat de tratamentul bolnavilor mintali, care erau adesea aruncați cu bolnavii fizici, fără nicio prevedere pentru separarea tinerilor de bătrâni. Din momentul inspecțiilor sale, ea a fost un puternic avocat al îngrijirii extramurale pentru pacienții psihici, iar mai târziu, în 1909, a devenit membru fondator al Comitetului Național pentru igienă mintală al lui Clifford W. Beers. În 1901 a demisionat din Consiliul de caritate din Illinois în semn de protest împotriva calității scăzute a personalului majorității instituțiilor aflate în competența sa. A servit din nou în Consiliu din 1905 până când planul ei de reorganizare a fost adoptat în 1909.
interesul lui Lathrop pentru problema găsirii de personal instruit pentru personalul instituțiilor publice a determinat-o să se alăture lui Graham Taylor în organizarea Institutului de științe Sociale din Chicago în 1903-04. A ținut prelegeri în mod regulat la școală, care în scurt timp a fost redenumită școala de civică și filantropie din Chicago, iar în 1907, asistată de Sophonisba Breckinridge, și-a înființat Departamentul de cercetare și a ocupat un an ca director. A continuat ca administrator al școlii până când a devenit școala de administrare a Serviciilor Sociale a Universității din Chicago în 1920. A activat și în alte domenii: în 1899 s-a alăturat Lucy Flower în campania care a asigurat crearea în județul Cook a primului sistem de instanțe pentru minori din lume. În 1908 s-a alăturat Breckinridge și Grace Abbott în formarea Liga de protecție a imigranților.
în 1912 Președintele William Howard Taft l-a numit pe Lathrop să conducă nou-creatul Biroul pentru copii al SUA al Departamentului Comerțului și muncii. A fost prima femeie care a condus un birou federal statutar la numirea președintelui cu acordul Senatului. Cu un buget și un personal limitat, ea a întreprins mai întâi un studiu al mortalității infantile și a dezvoltat un plan pentru înregistrarea uniformă a nașterii. Studiile ulterioare ale Biroului s-au axat pe munca copiilor, pensiile mamelor, ilegitimitatea, delincvența juvenilă, nutriția și tratamentul celor retardați mental. În urma adoptării Legii Keating-Owen privind munca copiilor în 1916, a fost creată o divizie a muncii copiilor în cadrul Biroului pentru a o pune în aplicare, iar Lathrop și-a adus vechiul asociat Abbott pentru a conduce divizia. (Legea a fost declarată neconstituțională în 1918, la fel ca o a doua lege din 1919 în 1922.) În timpul Primului Război Mondial, biroul și-a asumat responsabilități suplimentare pentru copiii militarilor și mamelor muncitoare și alte chestiuni. În perioada 1918-19 Lathrop a ocupat și funcția de președinte al Conferinței Naționale de Asistență Socială.
Lathrop a militat din greu pentru Legea Sheppard-Towner, oferind fonduri federale Statelor pentru programe de îngrijire a maternității și a sugarului, care a fost adoptată la scurt timp după demisia ei din motive de sănătate în 1921. (Ea a fost succedată de Abbott.) Din 1922 a locuit în Rockford, Illinois. În acel an a fost aleasă președinte al Ligii femeilor alegătoare din Illinois, iar în același an a fost numită într-o comisie prezidențială care investighează condițiile de la stația de imigrare de la insula Ellis, New York. A contribuit cu articole la diverse periodice și un capitol pentru copil, clinică și curte (1925). Din 1925 până în 1931 a fost evaluator pentru Comitetul pentru Protecția Copilului al Ligii Națiunilor.
