Junying Yuan a înființat un laborator independent la Harvard-afiliat Massachusetts General Hospital în 1989, imediat după finalizarea doctoratului. Eforturile sale inițiale au fost îndreptate spre furnizarea de dovezi pentru rolul funcțional al caspazelor în medierea apoptozei mamiferelor. Munca sa independentă în această etapă a oferit primele perspective asupra mecanismelor moleculare în apoptoza mamiferelor, care au contribuit semnificativ la Premiul Nobel pentru Chimie câștigat de supervizorul ei de doctorat, Robert Horvitz.
în 1996, Yuan și-a mutat Laboratorul la Departamentul de Biologie Celulară din campusul Longwood de la Harvard Medical School, unde și-a continuat investigația asupra morții celulare. Munca ei a aprofundat în continuare moartea celulară programată și a dezvăluit o cohortă largă de proteine implicate în reglarea și consecințele apoptozei. Unele lucrări notabile includ descoperirea ei că scindarea BID de către caspaza-8 mediază leziunile mitocondriale în apoptoză și descoperirea rolului caspazei-11 în reglarea inflamației conduse de caspaza-1.
în 2005, grupul lui Yuan a descoperit o formă non-apoptotică de moarte celulară necrotică programată, pe care au numit-o „necroptoză”. Alte grupuri au observat mai întâi că stimularea familiei FAS/TNFR a receptorilor domeniului morții(DR) a activat o cale apoptotică canonică; cu toate acestea, în multe tipuri de celule, nu numai că inhibarea caspazei nu a reușit să inhibe moartea celulară, așa cum s-ar aștepta de la apoptoza canonică, dar celulele stimulate au experimentat o formă de moarte celulară care seamănă mai mult cu necroza decât cu apoptoza. Grupul lui Yuan a efectuat un ecran chimic care a identificat o moleculă mică capabilă să inhibe moartea celulelor conduse de DR, necrostatin-1, și a demonstrat rolul necroptozei în leziunile neuronale ischemice, prezentând astfel un rol potențial pentru necrostatin-1 în tratamentul accidentului vascular cerebral. Grupul ei a identificat apoi RIPK1 ca țintă pentru necrostatin-1, implicându-l astfel ca un jucător cheie în necroptoză.
Yuan a continuat să identifice și să caracterizeze membrii rețelei de semnalizare responsabili de reglarea necroptozei și continuă să elucideze mecanismele necroptozei în timp ce explorează potențialul acesteia ca țintă a intervenției terapeutice. Necroza a fost considerată anterior o formă de moarte celulară pasivă, forțată ca răspuns la stres. Această credință a condus la o aversiune față de dezvoltarea aplicațiilor terapeutice care vizează necroza. În demonstrarea unei forme de necroză programată, lucrarea lui Yuan a dezvăluit noi căi de tratament pentru o cohortă din ce în ce mai mare de boli în care este implicată necroptoza. Începând cu 2019, inhibitorii cu molecule mici ai RIPK1 au avansat dincolo de studiile clinice umane de fază I pentru tratamentul diferitelor boli inflamatorii și neurodegenerative, inclusiv scleroza laterală amiotrofică (ALS), boala Alzheimer, artrita reumatoidă, psoriazisul și boala Crohn.
