în mileniul al II-lea î.hr., teritoriile dintre râurile Kama și Irtysh erau casa unei populații vorbitoare de Proto-uralică care avea contacte cu vorbitori Proto-Indo-europeni din sud. Locuitorii zonelor erau de stoc Europid, dar Khanty sunt predominant Uraloide. Populația pădurilor este strămoșul locuitorilor ugrieni moderni din Trans-Uralia. Unii consideră că strămoșii Khanty sunt cultura preistorică a prelucrării metalelor Andronovo. Alți cercetători spun că oamenii Khanty își au originea în stepa Uralului de Sud și s-au mutat spre nord în locația lor actuală în jurul anului 500 D.HR.
Khanty apare probabil în înregistrările rusești sub numele de Yugra (cca. Secolul 11), când au avut contact cu vânătorii și comercianții ruși. Numele provine de la limba Komi-Zyrian J unktogra (‘Khanty’). De asemenea, este posibil ca acestea să fi fost înregistrate pentru prima dată de regele englez Alfred cel mare (cca. Secolul 9), care a localizat Fenland (zona umedă) la est de Marea Albă în Siberia de vest. Numele rusesc mai vechi Ostyak este de la Khanty as-kho ‘persoană din râul Ob (as),’ cu-yak după alți termeni etnici precum Permyak.
unele principate Khanty au fost parțial incluse în Hanatul Siberiei din anii 1440-1570.
în secolul al 11–lea, Yugra a fost de fapt un termen pentru numeroase triburi, fiecare având propriul său centru și propriul său șef. Fiecare trib avea două fratrii exogamice, numite mon ‘ T ‘ și por, și toți membrii erau considerați rude de sânge. Această structură a fost înlocuită ulterior cu clanuri, unde fiecare lider de clan (knyazets) a negociat cu tărâmul rus. De asemenea, au participat la campaniile rusești și au primit dreptul de a colecta yasaq (tribut) de la două volosturi Khanty (districte), respectiv. Când această structură nu mai era necesară, Rusia le-a lipsit de privilegiile lor.
între secolele 17 și 19, au existat încercări de a introduce creștinismul, dar stilul de viață Khanty nu a suferit schimbări reale. În a doua jumătate a secolului al 19-lea, au acceptat treptat legea statului.
în perioada sovietică, Khanty a fost una dintre puținele minorități indigene din Siberia cărora li s-a acordat o autonomie sub forma unui okrug (district Autonom). Stabilirea autonomiei a jucat un rol considerabil în consolidarea Etnos (Khants de Vest și-au numit vecinii din est Kant Inktik ). Cu toate acestea, în anii 1930, statul sovietic a făcut eforturi concertate pentru a le colectiviza. Etapele inițiale ale acestui lucru au însemnat executarea șefilor tribali, care au fost etichetați „kulaks”, urmată de executarea șamanilor. Răpirea de către stat a copiilor care au fost trimiși la internatele de limbă rusă a provocat o revoltă națională în 1933 numită Rebeliunea Kazym.
după sfârșitul perioadei Stalin, acest proces a fost relaxat și eforturile au fost intensificate în anii 1980 și 1990 pentru a-și proteja teritoriul comun de expansiunea industrială a diferitelor ministere și agenții. Autonomia a jucat, de asemenea, un rol major în păstrarea culturii și limbii tradiționale.
