kocuria rhizophila DC2201 (=NBRC 103217)

actinomicetul solului kocuria rhizophila este o bacterie coccoidă, gram-pozitivă. Aparține familiei Micrococcaceae din subordinea Micrococcineae, un grup bacterian divergent pentru care în prezent este disponibilă doar o cantitate limitată de informații genomice. Tulpina de tip K. rhizophila (DSM 11926T) a fost izolată de rizosfera cattailului cu frunze înguste (Typha angustifolia). Genul Kocuria a fost creat din genul Micrococcus pe baza disecției filogenetice și chemotaxonomice a genului Micrococcus. Membrii genului Kocuria au fost izolați dintr-o mare varietate de surse naturale, inclusiv pielea mamiferelor, solul, rizosfera, alimentele fermentate, exemplarele clinice, apa dulce și sedimentele marine. K. rhizophila ATCC 9341, fost Micrococcus luteus, este desemnat ca o tulpină de control al calității într-o serie de aplicații, inclusiv teste de susceptibilitate pentru o varietate de antibiotice. K. rhizophila DC2201 (=NBRC 103217) a fost derivat din IFO 12708 și caracterizat ca o tulpină care prezintă toleranță la o mare varietate de solvenți organici. Dimensiunea redusă a genomului, capacitatea de a crește rapid și la o densitate celulară ridicată și robustețea celulelor în diferite condiții de creștere ar fi extrem de avantajoase pentru dezvoltarea sistemului de bioconversie bacteriană care ar putea fi utilizat în condiții dure, cum ar fi în solvenții organici.

secvențierea și adnotarea genomului K. rhizophila DC2201 (= NBRC 103217) a relevat un singur cromozom circular (2.697.540 bp; conținut G+C de 71,16%) care conține 2.356 de gene care codifică proteinele prezise. Majoritatea proteinelor prezise (87.7%) au fost ortologi la proteinele actinobacteriene, iar genomul a prezentat sintenie destul de bună cu genomii actinobacterieni legați taxonomic. Pe de altă parte, genomul pare să codifice un număr mult mai mic de proteine necesare metabolismului secundar (câte unul din sintetaza peptidică nonribozomală și sintaza poliketidică de tip III), reglarea transcripțională și transferul genei laterale, reflectând dimensiunea mică a genomului. Prezența căilor metabolice probabile pentru transformarea compușilor fenolici generați din descompunerea materialelor vegetale și prezența unui număr mare de gene asociate cu transportul membranei, în special transportorii de aminoacizi și pompele de eflux medicamentos, pot contribui la utilizarea de către organism a exudatelor radiculare, precum și la toleranța la diferiți compuși organici.

această lucrare a fost realizată ca parte a proiectului „Dezvoltarea unei infrastructuri tehnologice pentru Bioprocese industriale” al noii organizații de dezvoltare a energiei și tehnologiei industriale (NEDO), Japonia.

fotografie de
Dr.Tamura (NBRC, NITE)

până la pagina de sus