raport de caz
pacientul era o fetiță de 3 ani cu formă colonică totală a bolii Hirschsprung. În ziua 2 a vieții (27 aprilie 2006), a fost efectuată o intervenție chirurgicală de urgență pentru ocluzia intestinului subțire datorată atreziei, cu îndepărtarea a 31 cm de intestin subțire, urmată de ileostomie terminală și colostomie. A fost necesară o nutriție parenterală totală. La 25 August 2006, un port de acces vascular implantabil subcutanat (cateter venos central Cook Spectrum, Cook Ireland Ltd.) a fost plasat pentru nutriție parenterală la domiciliu după o îndepărtare accidentală a cateterului Nutricath (Vygon, Franța).
patru luni mai târziu (decembrie 2006), a fost observat primul episod septic, cu șapte probe de sânge pozitive extrase prin cateter și dintr-o venă periferică. Febra s-a remis imediat după inițierea terapiei antimicrobiene prin combinarea vancomicinei (40 mg/kg greutate corporală și zi, 10 zile) și gentamicinei (3 mg/kg și zi, 2 zile). Izolatele de sânge au fost identificate pentru prima dată ca Micrococcus spp. prin utilizarea Galeriilor biochimice de rutină și ulterior ca kocuria rhizophila prin utilizarea instrumentelor moleculare. Ulterior, alte șapte episoade septice cu K. rhizophila (două în 2007, patru în 2008 și unul în 2009) au fost observate și rezolvate cu aceeași terapie antimicrobiană. Deoarece sa presupus că colonizarea cateterului a fost cauza sepsisului, blocările de etanol (70% etanol a fost instilat în lumenul cateterului timp de 12 ore și apoi a fost retras din lumenul cateterului; apoi, s-a efectuat o spălare izotonică de clorură de sodiu) au fost făcute în cateter în ultimele patru episoade asociate cu antibiotice sistemice (17). La momentul ultimului eveniment septic din 2009, o gaură în cateter a fost detectată și reparată folosind un kit de reparare specific. După aprilie 2009, nu a fost observat niciun episod septic nou.
în perioada de 3 ani (2007-2009), utilizând sistemul tridimensional bact/Alert (3d) (biomecrieux, Marcy l ‘ Etoile, Franța), au fost obținute în total 22 de culturi de sânge pozitive, cu 21 de probe prelevate din cateter și una dintr-o venă periferică. Toate culturile au produs cocci Gram-pozitivi care au apărut în perechi, tetrade și clustere care au fost identificate preliminar ca specii de Micrococcus cu caracteristici de bază. Coloniile au crescut în condiții aerobe și au apărut netede și circulare, cu o nuanță galben-lămâie sau o culoare crem pe agar de sânge. Izolatele au fost catalază pozitivă, oxidază negativă, sensibile la bacitracină și rezistente la furazolidonă. Doar câteva reacții pozitive au fost găsite cu Galeria stafilococilor ID 32 (biomecrieux), producând Staphylococcus auricularis cu probabilitate slabă de 57%. În 2006 și 2007, tulpina clinică a fost considerată Micrococcus fără alte investigații în procesul de identificare. În 2008, am folosit cardul Vitek 2 ID-GPC (biomecrieux) care a dat kocuria varians cu un scor de încredere aparent „excelent” (98%). A arătat doar un singur test discordant (uree), deoarece a apărut negativ pentru această specie, în timp ce ar trebui să fie pozitiv la 87% din izolatele K. varians. Pentru a clarifica acest test discordant și a confirma K. varians, am folosit analiza genei rRNA 16S. Extracția ADN și analiza secvenței genei ARNr 16S au fost efectuate așa cum s-a descris anterior (16). Procedura a fost efectuată pe 11 izolate clinice: patru recuperate în 2006, șase în 2008 și una în 2009. În mod surprinzător, toate secvențele obținute au arătat o identitate completă cu cele ale lui K. rhizophila depuse în baza de date nucleotidică GenBank. Secvența genei ARNr 16S a izolatului K. rhizophila a arătat o similitudine de 98% (457/466) cu cea a genei ARNr 16S a tulpinii K. rhizophila DC22201 (GenBank accession nr. NC010617) și a arătat similitudine cu secvențele altor 10 tulpini K. rhizophila, inclusiv tulpina istorică de tip Kovacs K. rhizophila TA68T (GenBank accession nr. NR_026452; similitudine de 99%) și Micrococcus luteus NCTC 2665 (GenBank accession nr. NC012803; similitudine de 93%). Alte specii de Kocuria au arătat o asemănare de 451/462 pentru kocuria carniphila și 452/467 pentru kocuria marina. În cele din urmă și recent, am folosit spectrometria de masă de desorbție laser asistată de matrice (MALDI-TOF MS) așa cum a fost descris anterior (6), confirmând tulpina ca K. rhizophila. Profilele spectrale ale patru izolate clinice au fost identice cu profilul spectral al tulpinii de tip K. rhizophila (Fig. 1) și destul de distincte de profilurile kocuria kristinae, kocuria palustris, kocuria rosea și kocuria varians, toate prezente în baza de date Andromas. With the disk diffusion method, all the isolates were resistant to ciprofloxacin, intermediate to erythromycin, and susceptible to penicillin, gentamicin, amikacin, tobramycin, tetracycline, vancomycin, and teicoplanin, according to EUCAST breakpoints determined for Staphylococcus spp. since there are not breakpoints available for Kocuria spp. With broth microdilution, MICs were 0.03 mg/liter for penicillin, 0.5 mg/liter for gentamicin, 1 mg/liter for amikacin, 2 mg/liter for tobramycin, 8 mg/liter for ciprofloxacin, 4 mg/liter for erythromycin, 0.125 mg/liter for tetracycline, 0.5 mg/litru pentru vancomicină și 1 mg/litru pentru teicoplanină.
profile spectrale MALDI-TOF MS. Primele patru linii, patru izolate clinice K. rhizophila de la pacientul nostru; ultima linie, tulpina de tip K. rhizophila utilizată în baza de date Andromas.
genotiparea izolatelor clinice cu tehnica PCR amorsată arbitrar a necesitat timpi de rampă prelungiți, după cum a raportat Ellinghaus și colab. (8). A fost efectuat pe 9 izolate reprezentative ale celor opt episoade septice și a arătat același model, reprezentând un K clonal. tulpina rhizophila recuperată timp de 3 ani (Fig. 2).
modele PCR amorsate arbitrar ale tulpinilor K. rhizophila. Benzi: M, scara ADN; 1, tulpina de tip DSM 11926; 11, K. rhizophila de la un alt pacient (tulpinile din benzile 1 și 11 nu au legătură); 2 și 3, două izolate din primul episod septic; 4, izolat din al doilea episod; 5, izolat din al treilea episod; 6, izolat din al patrulea episod; 7, izolat din al cincilea episod; 8, izolat din al șaselea episod; 9, izolat din al șaptelea episod; 10, izolat din ultimul episod septic; 12, control negativ. Benzile de la 2 la 10 au modele similare, indicând aceeași tulpină.
speciile Micrococice au fost găsite în praf, sol, apă și alimente și pe pielea și mucoasa oamenilor și animalelor. Membrii acestor grupuri de specii s-au dovedit, de asemenea, că provoacă infecții precum meningita, endocardita și pneumonia, în special la pacienții imunocompromiși și infecții legate de dispozitivele implantate sau inserate (18, 21, 30). Printre genul kocuria recent stabilit, cazurile umane documentate de infecții sunt limitate. Tipul speciei K. Mariana a fost raportat de a provoca bacteriemie legate de cateter (2). Un alt membru al genului, K. kristinae, a fost, de asemenea, raportat că provoacă o bacteremie legată de cateter la pacienții cu cancer ovarian (3) sau colecistită acută (14). În 2009, două cazuri de peritonită cauzate de K. marina au fost raportate de Lee și colab. (12). Mai recent, în 2010, Lai și colab. (11) a raportat bacteriemie legată de cateter și endocardită infecțioasă cauzată de Kocuria sp., întrucât Tsai și colab. (27) a raportat o infecție K. varians asociată cu abcesul cerebral.
În Timp Ce K. rhizophila a fost izolată din alimente precum brânza (7) și carnea de pui (1), după cunoștințele noastre, cazul nostru este al doilea raport al infecției umane cu K. rhizophila după primul descris de Becker și colab. în 2008 (4). În timp ce sursa tulpinii noastre K. rhizophila persistente de 3 ani a fost neclară, este posibil ca aceasta să facă parte din flora pielii rezidente a pacientului, colonizând dispozitivul intravascular în mai multe rânduri. Dispozitivul intravascular pe termen lung (3 ani) a oferit probabil o nișă pentru tulpina persistentă K. rhizophila, recurentă prin orificiul dispozitivului. Repararea dispozitivului deteriorat părea să împiedice apariția oricărui episod septic nou până acum. Întregul personal al Secției este acum amintit frecvent de aplicarea strictă a protocolului aseptic privind gestionarea cateterului venos central. În prezent, copilul este în stare bună de sănătate și are întotdeauna scaune lichide. Nutriția parenterală poate fi redusă la 5 zile pe săptămână.
Galeria stafilococică ID 32 nu a permis o identificare fiabilă a K. rhizophila deoarece baza de date a acestui kit de diagnostic disponibil comercial include doar un număr limitat de specii micrococice, care nu acoperă speciile descrise recent și nu reflectă taxonomia stabilită de Stackebrandt și colab. (23). Cardul Vitek 2 ID-GP a identificat ambiguu mai multe specii de Kocuria (K. varians, K. kristinae și K. Mariana), dar nu K. rhizophila. Mai mult, identificarea greșită a stafilococilor coagulazo-negativi ca Kocurie utilizând analiza biochimică standard de către sistemul Vitek 2 nu este neobișnuită, datorită variabilității fenotipice (5). În schimb, utilizarea analizei genei ARNr 16S sau a SM MALDI-TOF a fost adecvată pentru a obține o identificare exactă a K. rhizophila.
în prezent sunt disponibile puține date despre susceptibilitatea antimicrobiană a Kocuria spp. sau alte micrococci și, în plus, nu a fost încă definit un regim terapeutic general acceptat pentru infecții severe. În 1995, von eiff și colab. (29) CMI determinate ale mai multor medicamente pe 188 tulpini micrococice: MIC90s (mg/litru) de rifampicină, penicilină, imipenem, ampicilină, clindamicină, Cefotaximă, vancomicină/teicoplanină și gentamicină au fost, respectiv, 0,031, 0.125, 0.125, 0.25, 0.25, 1, 1/1, și 1, în timp ce MIC90s de Amikacină, eritromicină, fosfomicină și acid fusidic au fost >2 mg/litru. În cazul nostru, tulpina a fost susceptibilă la vancomicină și gentamicină, iar combinația acestor două medicamente a permis întotdeauna sterilizarea culturilor de sânge.
în concluzie, dacă un organism asemănător cu micrococci este izolat în mod repetat din culturile de sânge, este important să se utilizeze alte mijloace decât sistemele biochimice de rutină, cum ar fi secvențierea genei ARNr 16S sau MALDI-TOF MS, pentru a obține o identificare exactă a speciilor. De asemenea, se recomandă verificarea cu atenție a integrității dispozitivelor intravasculare pe termen lung și repararea deteriorării liniilor centrale de salvare de la eliminarea acestora.
număr de accesare a secvenței nucleotidelor.
secvența genei ARNr 16S a izolatului K. rhizophila a fost trimisă la GenBank sub numărul de aderare JQ272742.
