la mijlocul anilor 1610, șahul Abbas I și-a reînnoit efortul de a aduce Georgia mai complet în Imperiul Safavid și l-a supus pe Kakheti invaziilor repetate în 1614, 1615 și 1616. Într-o serie de insurecții georgiene și represalii iraniene, șaizeci până la șaptezeci de mii de oameni au fost uciși, iar peste o sută de mii de țărani Kakhetieni au fost deportați cu forța în Iran. Populația din Kakheti a scăzut cu două treimi; odată ce orașele înfloritoare, cum ar fi Gremi și Zagemi, s-au redus la sate nesemnificative; Agricultura a scăzut și comerțul a încetat.:50-51 până în 1648, neobositul Taimuraz fusese în cele din urmă înlăturat din Kakheti. Guvernul Safavid și-a înăsprit controlul asupra Kakheti, a implementat o politică de înlocuire a populației native cu triburi turcice nomade. În același timp, alpinistii din Dagestani au început să atace și să colonizeze zonele Kakhetian marchlands.
în 1659, Kakhetienii au organizat o revoltă generală, zădărnicind planurile Safavid de a stabili zeci de mii de Turkomani în Kakheti. Cu toate acestea, Kakheti a rămas sub controlul politic al Iranului; cei trei lideri aristocrați ai răscoalei s-au predat și au fost executați. Câțiva ani mai târziu, Vakhtang V Shah-Nawaz, un musulman Georgian rege/vali de Kartli, a reușit să obțină permisiunea șahului de a-și instala fiul Archil ca rege/vali în Kakheti. Pentru o vreme, cele două regate din estul Georgiei au fost practic unite sub Shah-Nawaz și fiul său și a urmat o perioadă de pace relativă. Făcând orașul Telavi capitala sa, în locul lui Gremi care a fost distrus de invaziile iraniene, Archil și-a propus să implementeze un program de reconstrucție. Cu toate acestea, situația promițătoare a fost de scurtă durată. Ascensiunea lui Archil în Kakheti a marcat începutul unei rivalități între cele două ramuri Bagrationi – Mukhrani, din care făcea parte Archil, și casa lui Kakheti, deposedată de coroană în persoana lui Teimuraz I. această ultimă casă a reușit în cele din urmă, în detrimentul apostaziei lor la Islam, să se restabilească în 1703 și a condus, de acum înainte, la plăcerea suzeranilor lor safavizi. Cu toate acestea, acest lucru s-a dovedit a fi de puțin folos, iar regatul a continuat să fie afectat de neîncetatele incursiuni din Dagestani.
din 1724 până în 1744, Kakheti a fost supus ocupațiilor otomane și iraniene succesive. Cu toate acestea, serviciul prestat de prințul Kakhetian Teimuraz al II-lea către Nader Shah al Iranului în lupta împotriva otomanilor a dus la anularea tributului greu plătit de Kakheti Curții iraniene în 1743. În 1744, ca recompensă pentru loialitatea lor, Nader a acordat regalitatea de Kartli lui Teimuraz al II-lea și cea de Kartli fiului său Erekle al II-lea. ambii monarhi au fost încoronați în conformitate cu o tradiție creștină în 1745. Ei au exploatat turbulențele din Iran care au urmat asasinării lui Nader în 1747 și s-au stabilit ca conducători practic independenți. Conducerea lor a ajutat la stabilizarea țării; economia a început să reînvie, iar atacurile din Dagestani au fost reduse, dar nu eliminate. Când Teimuraz a murit la 8 ianuarie 1762, Erekle i-a succedat, unind astfel Georgia de Est ca un singur stat pentru prima dată în aproape trei secole, sub forma Regatul Kartli-Kakheti.