secvențe de genom întreg de cinci tulpini de kocuria eug, NCTC2676, NCTC7514, NCTC7512, NCTC7528 și NCTC7511

anunț

KOCURIA rosea este o bacterie COCCOIDĂ care nu formează spori, aerobă, oxidază negativă, catalază pozitivă, gram-pozitivă, care crește ca colonii circulare, netede, roz pe agar nutritiv. Acest organism este cunoscut în mod tradițional ca saprofit și există în mod obișnuit în mediul natural (sol, apă și aer) (1). K. rosea este, de asemenea, un comensal al pielii umane și al orofaringelui și este foarte rar un agent patogen uman, deși din cauza potențialei identificări greșite și a micrococilor considerați contaminanți, rolul său în infecție ar putea fi subestimat (2). K. Mariana a fost descris ca un patogen oportunist; s-a știut că provoacă boli legate de dispozitive medicale la imunocompetent și la cei cu afecțiuni subiacente și a fost implicat în cazuri izolate de infecție a tractului urinar, bacteremie, endocardită și peritonită la cei supuși dializei peritoneale (3-6). Tehnicile de identificare fenotipică și biochimică pot eșua în identificarea corectă a lui K. rosea, iar metodele de identificare bazate pe genom pot fi necesare pentru a construi o imagine mai completă a bolii cauzate de acest organism (2). În prezent, există doar trei secvențe de genom disponibile pentru tulpinile K. rosea. Aici, raportăm secvențe suplimentare de genom a cinci tulpini depuse în Colecția Națională de culturi de tip (NCTC). Trei dintre aceste genomi au fost asamblate într-un singur contig.

datorită naturii istorice a tulpinilor secvențiate în acest studiu, disponibilitatea metadatelor este limitată. Înregistrările NCTC evidențiază faptul că toate cele cinci tulpini au fost izolate înainte de 1949. În special, toate acestea sunt enumerate într-un studiu realizat în NCTC la sfârșitul anilor 1940, al cărui scop a fost de a oferi un sistem omniprezent util de clasificare pentru cocci gram-pozitivi aerobi catalazici pozitivi prin examinarea a 431 de tulpini pentru caracteristicile morfologice, caracteristicile biochimice și sensibilitatea la doi bacteriofagi (7). Este, de asemenea, cunoscut faptul că NCTC7512, NCTC7514 și NCTC7528 au făcut odată parte din colecția Kral, una dintre primele colecții de cultură microbiană din lume care a funcționat din 1890 până în 1911.

cele cinci tulpini NCTC au fost recuperate din fiole liofilizate, cultivate pe agar nutritiv, și incubate la 37 C pentru 48 h. ADN-ul Genomic a fost extras din culturile pure folosind kitul QIAGEN midi și un vârf Genomic de 100/G (Manchester, Marea Britanie). Secvențierea întregului genom (WGS) a fost efectuată folosind Pacific Biosciences (PacBio) RS II platformă. ADN – ul a fost tăiat la 15 kb, urmat de pregătirea unei biblioteci de la 10 kb la 20 kb și secvențierea utilizând chimia C4/P6.

citirile secvenței au fost asamblate folosind HGAP v3 al software-ului de analiză SMRT v2.3.0 (8). Acoperirea pliului la țintă la alegerea lungimii minime a fragmentului pentru asamblare a fost setată la 30, iar dimensiunea aproximativă a genomului a fost setată la 3 Mbp. Ansamblul a fost circularizat folosind Circlator v1.1.3 (9). În cele din urmă, ansamblul circularizat a fost lustruit folosind protocolul Pacbio RS_Resequencing și Quiver v1 al software-ului de analiză SMRT v2.3.0. Adnotarea automată a fost efectuată utilizând Prokka v1.5 și o bază de date specifică genului de la RefSeq (10). Statisticile sumare ale genomului celor cinci tulpini sunt prezentate în tabelul 1.