Streszczenie
chociaż genomy ssaków są diploidalne, poprzednie badania intensywnie badały średnią architekturę chromatyny bez uwzględniania różnic między homologicznymi chromosomami. Wygenerowaliśmy zestawy danych Hi-C, ChIP-seq i RNA-seq z komórek T CD4 myszy B6, Cast i hybrydowych, aby zbadać diploidalną organizację chromatyny i regulację epigenetyczną. Nasze dane wskazują, że wzorce interakcji między chromosomami homologicznymi są podobne, a podobieństwo jest silnie skorelowane z ich allelicznymi poziomami koekspresji. Rekonstrukcja jądra trójwymiarowego wykazała, że odległości homologicznych chromosomów do centrum jądra są prawie takie same. Interakcje między chromosomami na końcach centromerów są znacznie słabsze niż te na końcach telomerów, co sugeruje, że znajdują się one w różnych regionach w obrębie terytoriów chromosomowych. Większość przedziałów A / B lub topologicznie powiązanych domen (TADs) jest zgodna między B6 a Cast. Odkryliśmy, że 58% haploidów w mieszańcach utrzymuje status Enklawy rodzicielskiej na poziomie B6/Cast rozbieżnych enklaw ze względu na efekt cis. Około 95% przedziałów rozbieżnych trans-B6/Cast zbiegają się do tego samego stanu przedziałów potencjalnie ze względu na wspólne środowisko komórkowe. Wykazaliśmy, że różnice w ekspresji genów pomiędzy dwoma haploidami w Hybrydach były związane z efektami genetycznymi lub epigenetycznymi. Podsumowując, nasze dane multi-omics z myszy hybrydowych dostarczyły haploidalnych informacji na temat architektury jądrowej 3D i bogate źródło do dalszego zrozumienia epigenetycznej regulacji ekspresji genów haploidalnych.
