w grudniu 1990 r. pierwsze od czasów nazistowskich wolne wybory w Niemczech zapewniły koalicję Kohla większą większość. Po 45 latach podziału Niemcy ponownie zjednoczyły się, a w następnym roku Kohl pomógł wynegocjować Traktat o Unii Europejskiej, który ustanowił Unię Europejską (UE) i utorował drogę do wprowadzenia euro, wspólnej waluty UE, do końca dekady.
osiągnięcie Zjednoczenia Narodowego zostało wkrótce zacienione przez szereg trudności, niektóre z powodu problemów strukturalnych w gospodarce europejskiej, inne z powodu kosztów i konsekwencji samego zjednoczenia. Podobnie jak większość reszty Europy, Niemcy w latach 90. stanęły w obliczu rosnącej konkurencji światowej, rosnących kosztów rozbudowanego systemu opieki społecznej i uporczywego bezrobocia, zwłaszcza w tradycyjnym sektorze przemysłowym. Jednak również w obliczu oszałamiających dodatkowych wydatków na zjednoczenie wschodu i zachodu. Te wydatki były tym bardziej niepokojące, że najwyraźniej były nieoczekiwane. Kohl i jego doradcy zrobili niewiele, aby przygotować niemieckich podatników na koszty zjednoczenia, częściowo dlatego, że obawiali się potencjalnych konsekwencji politycznych, ale także dlatego, że sami byli zaskoczeni skalą zadania. Sednem problemu był stan gospodarki wschodnioniemieckiej, który był o wiele gorszy niż ktokolwiek zdawał sobie sprawę lub przyznał. Tylko garstka firm ze wschodu mogła konkurować na rynku światowym; większość z nich była żałośnie nieefektywna, a także szkodliwa dla środowiska. W konsekwencji gospodarka byłej NRD załamała się, setki tysięcy mieszkańców Wschodu stanęło w obliczu bezrobocia, a wschód stał się w dużym stopniu uzależniony od dotacji federalnych. Jednocześnie infrastruktura-drogi, linie kolejowe, Telefony i tym podobne—wymagała ogromnych inwestycji kapitałowych, aby zapewnić podstawę przyszłego wzrostu gospodarczego. Krótko mówiąc, obietnica natychmiastowego dobrobytu i równości ekonomicznej, na której spoczął szybki i stosunkowo bezbolesny proces zjednoczenia, okazała się niemożliwa do spełnienia. Bezrobocie, dyslokacja społeczna i rozczarowanie nadal nawiedzały nowe kraje związkowe ponad dekadę po upadku Muru Berlińskiego.
utrzymująca się luka ekonomiczna między Wschodem a Zachodem była tylko jedną z kilku trudności związanych ze zjednoczeniem. Nic dziwnego, że wielu ludzi ze wschodu miało pretensje do tego, co uważali za zachodnią arogancję i niewrażliwość. Termin Wessi („westerner”) i Ossi („easterner”) zaczął oznaczać różne podejścia do świata: były konkurencyjny i agresywny, produkt tego, co Niemcy nazywają zachodnim „społeczeństwem łokciowym”; ten ostatni bierny i leniwy, produkt duszącego bezpieczeństwa reżimu komunistycznego. PDS stała się politycznym głosem niezadowolenia ze wschodu, z silnym, jeśli zlokalizowane poparcie w niektórych nowych krajach związkowych. Ponadto neofaszystowski Niemiecki Związek Ludowy (Deutsche Volksunion), kierowany przez milionera Gerharda Freya, zyskał znaczne poparcie wśród bezrobotnych robotników wschodnich Niemiec. Oprócz niechęci i rozczarowania z powodu zjednoczenia, które odczuwało wielu ludzi ze wschodu i niektórych zachodu, pojawił się również problem pogodzenia się z dziedzictwem pozostawionym przez 40 lat dyktatury. Niemcy Wschodnie opracowały duży i skuteczny aparat bezpieczeństwa (Stasi), który zatrudniał szeroką sieć profesjonalnych i amatorskich informatorów. Gdy akta tej organizacji zaczęły być upubliczniane, Wschodni Niemcy odkryli, że wielu z ich najwybitniejszych obywateli, a także niektórzy z ich przyjaciół, sąsiadów, a nawet członków rodziny, było na liście płac Stasi. Pogodzenie się z tymi objawieniami—prawnie, politycznie i osobiście-przyczyniło się do napięcia dekady postunifikacji.
pomimo problemów ze zjednoczeniem, a także serii skandali we własnej partii, Kohl odniósł wąskie zwycięstwo w 1994 roku. W 1996 roku pobił rekord Adenauera jako najdłużej urzędujący kanclerz Niemiec od czasów Bismarcka. Niemniej jednak jego popularność była wyraźnie ebbing. Coraz bardziej nietolerancyjny wobec krytyki ze strony własnej partii, Kohl poniósł upokarzającą klęskę, gdy jego pierwszy wybór na urząd prezydenta został odrzucony. Zamiast tego, Roman Herzog, prezes Federalnego Trybunału Konstytucyjnego, został wybrany w maju 1994 roku i skutecznie i z wdziękiem wypełniał swoje obowiązki. Gdy Niemcy przygotowywały się do wyborów w 1998 roku, ich gospodarka słabła—bezrobocie przekroczyło 10 procent i było dwukrotnie wyższe niż w większości wschodnich Niemiec—a niektórzy członkowie partii Kohla otwarcie mieli nadzieję, że ustąpi na rzecz nowego kandydata; zamiast tego kanclerz ponownie wystartował, a jego koalicja została pokonana, kończąc jego 16-letnią funkcję kanclerza. Kohl został zastąpiony na stanowisku kanclerza przez Gerharda Schrödera, pragmatycznego i fotogenicznego lidera SPD, która utworzyła koalicję z Partią Zielonych.