Janet Gyatso jest specjalistką w dziedzinie studiów buddyjskich, koncentrując się na tybetańskiej i południowoazjatyckiej historii kulturowej i intelektualnej. Jej książki to „Objawienia Jaźni: Sekretne Autobiografie tybetańskiego wizjonera”; „w zwierciadle pamięci: refleksje na temat uważności i pamięci w buddyzmie Indyjskim i tybetańskim”; oraz „kobiety Tybetu”. Niedawno ukończyła nową książkę ” Być człowiekiem w świecie buddyjskim: An Intellectual History of Medicine in Early Modern Tibet ” (Columbia University Press, 2015), która koncentruje się na alternatywnych wczesnej nowoczesności oraz powiązaniach i rozłamach między epistemologiami religijnymi i naukowymi w medycynie tybetańskiej w XVI–XVIII wieku. Pisała również o seksie i płci w buddyjskim monastycyzmie oraz o obecnym ruchu wyświęcania kobiet w buddyzmie. Poprzednie tematy jej badań obejmowały wizjonerskie objawienie w buddyzmie; rodowód, pamięć i autorstwo; filozofię doświadczenia; i autobiograficzne pisanie w Tybecie.
Gyatso był przewodniczącym Międzynarodowego Stowarzyszenia studiów tybetańskich w latach 2000-2006 i współprzewodniczącym sekcji buddyzmu Amerykańskiej Akademii religii w latach 2004-2010. Prowadzi kursy wykładowe i zaawansowane seminaria na temat buddyjskiej historii, rytuałów i idei oraz tybetańskich praktyk literackich i historii religii. Zarówno w nauczaniu, jak i pisaniu czerpie z teorii kultury i literatury, a także stara się poszerzyć spektrum zasobów intelektualnych dla zrozumienia buddyjskiej i tybetańskiej historii. Jest członkinią Komitetu studiów religii Wydziału Sztuki i Nauk, Wydziału języków i Cywilizacji Azji Wschodniej oraz Komitetu Studiów Azji wewnętrznej i Ałtajskiej, a także jest aktywnym uczestnikiem Harvard Buddhist Studies Forum. Jest również zaangażowana w opracowanie nowej ścieżki szkolenia buddyjskich świeckich ministrów i liderów w programie master of divinity w Harvard Divinity School (HDS).
Gyatso nauczał w Amherst College przed przyjściem na Harvard jako pierwszy Hershey profesor buddyjskich studiów w szkole Boskości. W lipcu 2014 została prodziekanem ds. wydziałów i nauki.
