Macklis otrzymał podwójne S. B. z inżynierii bioelektrycznej i literatury z Massachusetts Institute of Technology. W 1984 otrzymał tytuł M. D. i Ph. D. na Harvard–MIT Program of Health Sciences and Technology (HST), gdzie doradzał mu Richard L. Sidman. Ukończył staż podoktorski w zakresie neurologii rozwojowej u Sidmana. Macklis szkolił się klinicznie w medycynie wewnętrznej w Brigham and Women ’ s Hospital (BWh) oraz w neurologii dorosłych w programie szkoleniowym Harvard-Longwood Neurological Training.
Macklis założył swoje laboratorium w Basic Science Division of Neurosciences of Boston Children ’ s Hospital (BCH). W 2002 przeniósł się do Massachusetts General Hospital (MGH), gdzie był dyrektorem-założycielem MGH-HMS Center for Nervous System Repair (2002-2011). Był również współprowadzącym program choroby Parkinsona i zaburzeń pokrewnych w BWH.
w 2004 Macklis założył program Neuroscience / Nervous System Diseases w Harvard Stem Cell Institute na Uniwersytecie Harvarda, którym kierował do 2013. W 2007 Macklis został mianowany profesorem nauk przyrodniczych im. Maxa i Anne Wien. Jego laboratorium przeniosło się fizycznie do Cambridge, MA w 2011 roku. Jest członkiem wydziału Harvard graduate programs in Neuroscience, Nauk Biologicznych i Biomedycznych, biologii rozwojowej i regeneracyjnej oraz cząsteczek, komórek i organizmów, a także programu Harvard-MIT HST.
Macklis został wybitnym badaczem Paul G. Allen Frontiers Group w 2015 roku. W 2017 został badaczem Simons Foundation Autism Research Initiative (SFARI).
