Lathrop uczęszczała do Vassar College, którą ukończyła w 1880 roku. Przez następne 10 lat pracowała w kancelarii ojca i interesowała się różnymi ruchami reformatorskimi. W 1890 przeniosła się do Chicago i dołączyła do Jane Addams w nowo powstałej osadzie Hull House. W lipcu 1893, za kadencji gubernatora Johna P. Altgelda, weszła w skład Rady organizacji charytatywnych Illinois. Była to jej pierwsza okazja do podjęcia tego rodzaju żmudnej, szczegółowej i z pasją oddanej pracy, która miała charakteryzować jej karierę. Lathrop natychmiast rozpoczął osobistą kontrolę wszystkich 102 powiatowych zakładów almshouses i gospodarstw rolnych w stanie. Przerwała tę pracę zimą 1893-94, aby przeprowadzić inspekcję powiatowych instytucji charytatywnych w hrabstwie Cook. Jej dokładne opisy szpitala Hrabstwa Cook, azylu i innych instytucji zostały wydrukowane jako rozdział w Hull-House Maps and Papers (1895). Lathrop był szczególnie zaniepokojony leczeniem chorych psychicznie, którzy często byli wrzucani do chorych fizycznie, bez możliwości oddzielania młodych od starych. Od czasu jej kontroli była zdecydowaną zwolenniczką opieki nad pacjentami psychicznymi, a później, w 1909 roku, została członkinią Krajowego Komitetu Higieny Psychicznej Clifforda W. Beersa. W 1901 roku zrezygnowała z członkostwa w Illinois Board of Charities w proteście przeciwko niskiej jakości personelu większości instytucji znajdujących się pod jej nadzorem. Ponownie zasiadała w zarządzie od 1905 roku, aż do przyjęcia planu jego reorganizacji w 1909 roku.
zainteresowanie Lathropa problemem znalezienia wyszkolonego personelu dla instytucji publicznych skłoniło ją do przyłączenia się do Grahama Taylora w organizowaniu Chicago Institute of Social Science w latach 1903-1904. Regularnie wykładała w szkole, która wkrótce została przemianowana na Chicago School of Civics and Philanthropy, a w 1907 roku, wspomagana przez Sophonisbę Breckinridge, założyła jej dział badań i pełniła przez rok funkcję jego dyrektora. Kontynuowała pracę jako powierniczka szkoły, aż w 1920 roku stała się Szkołą Administracji Służb Społecznych Uniwersytetu w Chicago. Była aktywna także w innych dziedzinach: w 1899 roku dołączyła do Lucy Flower w kampanii, która zabezpieczyła utworzenie w hrabstwie Cook pierwszego na świecie systemu sądów dla nieletnich. W 1908 roku dołączyła do Breckinridge’ a i Grace Abbott, tworząc Immigrants ’ Protective League.
w 1912 roku prezydent William Howard Taft mianował Lathropa szefem nowo utworzonego biura dziecięcego Departamentu Handlu i Pracy USA. Była pierwszą kobietą, która kierowała statutowym biurem Federalnym przy mianowaniu prezydenta za zgodą Senatu. Z ograniczonym budżetem i personelem, najpierw podjęła badania śmiertelności niemowląt i opracowała plan jednolitej rejestracji urodzeń. Kolejne badania biura koncentrowały się na pracy dzieci, emeryturach matek, nielegalnym pochodzeniu, przestępczości nieletnich, żywieniu i leczeniu upośledzonych umysłowo. Po przejściu Keating-Owen Child Labor Act w 1916 roku, w biurze utworzono Wydział Pracy dzieci, aby go egzekwować, a Lathrop zatrudniła swojego dawnego współpracownika Abbotta, aby kierował dywizją. (Ustawa została uznana za niekonstytucyjną w 1918 r., podobnie jak druga ustawa z 1919 r. w 1922 r.) W czasie I wojny światowej Biuro przejęło dodatkowe obowiązki w zakresie dzieci żołnierzy i pracujących matek oraz innych spraw. W latach 1918-1919 pełnił również funkcję przewodniczącego Krajowej Konferencji Pracy Socjalnej.
Lathrop prowadziła również intensywną kampanię na rzecz ustawy Sheppard-Towner, oferując fundusze federalne stanom na programy opieki położniczej i niemowlęcej, która została uchwalona wkrótce po jej rezygnacji ze względu na stan zdrowia w 1921 roku. (Jej następcą został Abbott.) Od 1922 mieszkała w Rockford w stanie Illinois. W tym samym roku została wybrana na przewodniczącą Illinois League of Women Voters, a w tym samym roku została powołana do prezydenckiej komisji badającej warunki na stacji imigracyjnej na Ellis Island w Nowym Jorku. Pisała artykuły do różnych periodyków oraz rozdział do „the Child, the Clinic, and the Court” (1925). W latach 1925-1931 pełniła funkcję asesora Komitetu Opieki nad dziećmi Ligi Narodów.
