Kekkei genkai (literally界; dosłownie oznacza „technikę ograniczoną do dziedziczenia przez krew” lub „limit linii krwi”) to umiejętności przekazywane genetycznie w określonych klanach. Ninja może mieć więcej niż jedną z tych umiejętności. Umiejętności Kekkei genkai, które działają za pośrednictwem oka użytkownika, nazywane są dōjutsu. Inne kekkei genkai obejmują mieszanie jednego rodzaju czakry żywiołów z innym, tworząc nową unikalną dla użytkowników, co zwykle jest niemożliwe dla normalnych ninja.
Kekkei genkai i związane z nimi techniki nie mogą być nauczane ani kopiowane przez innych. Jednak kekkei genkai można podawać innym. Dōjutsu, lub inny kekkei genkai izolowany do jednego organu, może być przeszczepiony do ciała innego. Użycie tych organów wymaga znacznie więcej czakry niż ktoś urodzony z kekkei genkai. Elementy czakry mogą być również przekazywane osobom spoza klanu, poprzez re-modyfikację DNA w celu uzyskania techniki uwalniania. Jednak umiejętności osób w używaniu go nie byłyby tak potężne, jak pierwotny praktykujący.
chociaż kekkei genkai są zwykle genetycznie współdzielone w ramach konkretnego klanu, czasami jest to unikalne dla jednej osoby, a nawet krewni rodziny nie dzielą się nim. Jednak inne kekkei genkai wydają się pojawiać u osób bez znanego pokrewieństwa, takich jak uwolnienie lawy, które pojawiło się w ninja z Kirigakure, Iwagakure i Kumogakure, podczas gdy uwolnienie magnesu, które pojawiło się w ninja z Kumogakure i Sunagakure.
