tradycyjna klasyfikacja językowa południowoafrykańskich języków Khoisan dzieli je na trzy skutecznie niepowiązane grupy: Północną, Środkową i Południową. Sandawe z Tanzanii ma odległe pokrewieństwo z grupą centralną, ale miejsce Hadza nawet w stosunku do Sandawe zawsze było niejasne; a status Kwadi, wymarłego języka Namibe (dawniej Moçâmedes) w południowo-zachodniej Angoli, pozostaje niepewny. Kwadi może być bardzo daleko spokrewniony z grupą Khoe. W obrębie każdej grupy znajdują się mniej lub bardziej spokrewnione Języki i dialekty o charakterystycznych cechach gramatycznych lub leksykalnych, ale między grupami występują wyraźne różnice językowe. W bardziej wyrafinowanym podziale języków, przymiotniki geograficzne są zastępowane nazwami „osoby” w każdym większym klastrze języków, tak że Ju zastępuje północny, Khoe zastępuje Centralny, oraz !Kwi i Taa rozszerzają się na południe.
dialekty Ju !Xũ, Ju / hoã i ǂKx 'AU ǁ’ eĩ są używane przez około 11 000 osób, głównie w północno-wschodniej Namibii i przyległych częściach Ngamilandu w Botswanie; istnieje również kilka mówców w południowej Angoli. Języki Khoe-w szczególności grupa Khoekhoe, składająca się z Nama (oficjalnie nazywanego Khoekhoegowab) z Namibii, z około 230 000 mówcami i !Ora i Gri (oba wymarłe) z Południowej Afryki – są najliczniejsze. Większość pozostałych języków i dialektów Khoe z grupy Non-Khoekhoe (NKK), które łącznie obejmują około 66 000 użytkowników, znajdują się w całej Zachodniej, Środkowej i północnej Botswanie. Z tak zwanych Zachodnich języków NKK, Naro jest używany na Zachodzie (z kilkoma mówcami w sąsiednich częściach Namibii), / Gui i ǁGana są używane w obszarze zachodnio-centralnym, a Buga i ǁAni są używane na północy w delcie Okawango. (Kxoe, który jest blisko spokrewniony z tym ostatnim, znajduje się w pasie Caprivi w Namibii i wzdłuż rzeki Kwando w południowo-wschodniej Angoli.) Grupy języków Shua i Tshua są używane we wschodniej części Botswany. Dialekty Taa z grupy Południowej, składające się z blisko spokrewnionych odmian !W południowo-zachodniej Botswanie mówi mniej niż 2500 osób (Kliknij tutaj, aby obejrzeć klip audio !Język potoczny). Wymarły !Dialekty grupy Południowej, takie jak | Xam, ǁXegwi, ǁNg i |’Auni, były używane w Republice Południowej Afryki; z !Dialekty Kwi, tylko ǂKhomani jest nadal używany, przez kilka osób w Prowincji Przylądkowej Północnej (kliknij tutaj, aby zobaczyć klip audio języka ǂKhomani). ǂHuã – język w południowo-wschodniej Botswanie, używany przez mniej niż 100 osób. W Afryce Wschodniej, Sandawe jest używany przez 70,000 ludzi w Tanzanii na północny zachód od Dodoma, a Hadza jest używany przez około 800 w północno-środkowej Tanzanii w pobliżu jeziora Eyasi. Kliknij tutaj, aby zobaczyć klip audio języka / Gui, a tutaj klip Ju.
hipoteza o genetycznym pokrewieństwie między wszystkimi tymi językami prowadzi do postulowania rodziny Makro-Khoisan reprezentowanej w formie drzewa genealogicznego. Linia przerywana łącząca Hadzę z korzeniem odzwierciedla niepewność co do jej przynależności do rodziny, a ułożenie odrębnych gałęzi Sandawe i Kwadi obok grupy Khoe zakłada możliwe, ale odległe połączenie między tymi gałęziami. Dowody na istnienie podgrupy genetycznie spokrewnionych południowoafrykańskich języków Khoisan w drzewie są jednak bardzo cienkie i o tak nierównej jakości, że rzeczywistość rodziny Makro-Khoisan została zakwestionowana. Konwencjonalne metody porównywania językowego stosowane między głównymi grupami języków Khoisańskich nie przyniosły regularnych odpowiedników dźwiękowych, które pozwoliłyby na odtworzenie wspólnych korzeni; a wspólne innowacje w strukturze gramatycznej, które są uważane za najlepsze źródło dowodów na postulowanie związków językowych, są frustrujące. tabela ilustruje ten problem za pomocą kilku podstawowych słów z głównych poddziałów. Przytłaczające wrażenie robią radykalne różnice między grupami. Słowo „Bawół” wskazuje na związek Sandawe z grupą Khoe, ale podobna forma w języku Ju jest najprawdopodobniej zapożyczeniem z sąsiedniego języka Khoe, a nie formą dziedziczoną od wspólnego przodka. Podobieństwo między Khoe i !Formy „drink” I „laugh” wskazują na możliwe odpowiedniki dźwiękowe między samogłoskami i spółgłoskami, ale to podobieństwo nie rozciąga się na inne wyrazy w obu grupach. Zbieżne różnice między formami Ju dla „pić” i „śmiać się” z jednej strony i Khoe/!Formy z drugiej strony są intrygujące, ale ponieważ nie uogólniają, pozostają jedynie kuszące. Ostatecznie porównania językowe doprowadziły do zbyt małej liczby rozsądnych odpowiedników, aby ustanowić bezpieczne relacje rodzinne między językami.
inne podejście do problemu badania związków językowych polega na masowych porównaniach słów między językami w różnych grupach. Pozwalając na pewną elastyczność w kojarzeniu znaczeń i słów, zamiast nalegać na ścisłą korespondencję semantyczną i zasady zmiany dźwięku, technika ta przyniosła pewne sugestywne podobieństwa, a kilka z nich sięga nawet poza języki Khoisan do języków rodziny Niger-Kongo. Gdy takie przypadki obejmują kliknięcia w słowa Khoisan odpowiadające nonclicks w słowach Niger-Kongo, pojawia się trudny problem genezy kliknięć i utraty kliknięć. Niewykluczone, że brak przekonującego wykazania związków językowych Khoisana jest funkcją ograniczeń konwencjonalnych i innych metod porównawczych, pozwalających przeniknąć wielką głębię czasową dzielącą grupy.