Kocuria rhizophila dc2201(= NBRC 103217)

日本ででで

gleba actinomycete kocuria Rhizophila jest kokkoidem, Gram-dodatnim bakteria. Należy do rodziny Micrococcaceae w Podrząd Micrococcineae, rozbieżnej grupy bakterii, dla których obecnie dostępna jest tylko ograniczona ilość informacji genomowych. Szczep typu K. rhizophila (DSM 11926T) została wyizolowana z rhizosfery wąskolistnej (Typha angustifolia). Rodzaj Kocuria został utworzony z rodzaju Micrococcus na podstawie filogenetycznej i chemotaksonomicznej sekcji rodzaju Micrococcus. Członkowie rodzaju Kocuria zostali wyizolowani z szerokiej gamy naturalnych źródeł, w tym ze skóry ssaków, gleby, kłącza, sfermentowanej żywności, próbek klinicznych, słodkiej wody i osadów morskich. K. rhizophila ATCC 9341, dawniej Micrococcus luteus, jest oznaczany jako szczep kontrolujący jakość w wielu zastosowaniach, w tym w testach wrażliwości na różne antybiotyki. K. rhizophila DC2201 (=NBRC 103217) pochodzi z IFO 12708 i charakteryzuje się jako szczep wykazujący tolerancję na szeroką gamę rozpuszczalników organicznych. Mały rozmiar genomu, zdolność do szybkiego wzrostu i dużej gęstości komórek oraz wytrzymałość komórek w różnych warunkach wzrostu byłyby bardzo korzystne dla rozwoju bakteryjnego systemu biokonwersji, który mógłby być stosowany w trudnych warunkach, takich jak rozpuszczalniki organiczne.

sekwencjonowanie i adnotacja genomu K. rhizophila DC2201 (=NBRC 103217) ujawniło pojedynczy okrągły chromosom (2 697 540 bp; ZAWARTOŚĆ G+C 71,16%) zawierający 2 356 przewidywanych genów kodujących białko. Większość przewidywanych białek (87.7%) były ortologiczne wobec białek aktynobakteryjnych, a Genom wykazywał dość dobrą syntezę z taksonomicznie spokrewnionymi genomami aktynobakteryjnymi. Z drugiej strony, Genom wydaje się kodować znacznie mniejszą liczbę białek niezbędnych do wtórnego metabolizmu (po jednym z nierybosomalnej syntetazy peptydowej i syntazy poliketydowej typu III), regulację transkrypcji i boczny transfer genów, odzwierciedlając mały rozmiar genomu. Obecność prawdopodobnych szlaków metabolicznych do transformacji związków fenolowych powstałych w wyniku rozkładu materiałów roślinnych oraz obecność dużej liczby genów związanych z transportem błonowym, w szczególności transporterów aminokwasów i pomp wysiękowych leków, może przyczynić się do wykorzystania przez organizm wysięków korzeniowych, jak również do tolerancji na różne związki organiczne.

prace te zostały przeprowadzone w ramach projektu „Rozwój infrastruktury technologicznej dla Bioprocesów przemysłowych” nowej organizacji rozwoju energetyki i Technologii Przemysłowych (Nedo), Japonia.

Photo by
Dr. Tamura (NBRC, NITE)

To Page Top