Bunt
pierwsze dwa i pół roku Karola w Hiszpanii przyniósł kraj na skraj buntu. Nie wywarł szczególnego wrażenia na swoich nowych poddanych. Był jeszcze młody, a jednak osiągnął pozycję kogoś, kto mógł dominować przez jego obecność lub urok przez jego dowcip. Rok później miał napisać o tym okresie, że „nie byłem na tyle stary, by poznać te Królestwa lub doświadczyć ich na tyle, by nimi rządzić”. W ciągu kilku dni od jego odejścia w Kastylii wybuchł bunt. Znane jako „bunt Comuneros”, duże miasta oparły się władzy królewskiej, wypędziły przedstawicieli królów, wysunęły dalsze żądania, które dałyby miastom większą kontrolę nad podatkami i wzniosły wojska do obrony. Po schwytaniu Tordesillasa próbowali wykorzystać władzę matki Karola, Królowej Juany, aby nadać swoim działaniom legalność. We wrześniu 1520 roku, za radą Adriana, Karol wyznaczył na współregentów dwóch z najwyższych Książąt Kastylii, zapewniając w ten sposób poparcie szlachty i porzucił pomysł pobierania nowych podatków. Powoli rebelianci tracili jedność celu, jednak dopiero w kwietniu 1521 roku ich armia została pokonana pod Villalar. Dopiero w lutym 1522 roku wojska królewskie wkroczyły do Toledo, ostatniego miasta, które się utrzymało.
jeszcze zanim Karol opuścił kraj, w Walencji wybuchła przemoc. Bunt ten spowodowany był złożonym połączeniem niezadowolenia społecznego, żalów Politycznych i wybuchu zarazy. Brak uczestnictwa Karola w cortes w Walencji i exodus szlachty z miast w celu uniknięcia zarazy pozostawiły próżnię władzy. Było to obsadzone przez Gildie lub Bractwa (Germanie), które otrzymały prawo do tworzenia własnej milicji jako obrony przed atakami muzułmańskich Korsarzy wzdłuż wybrzeża Morza Śródziemnego. Germanie byli w stanie zająć większość miast Walencji i byli szczególnie wrogo nastawieni do szlachty i muzułmanów, którzy stanowili ponad 20% ludności, żyjącej głównie na wiejskich posiadłościach szlachty. Rebelianci wyrządzili znaczne szkody w tych posiadłościach i w lipcu 1521 roku pokonali siły rojalistów w bitwie pod Gandia. Schwytani muzułmanie mieli do wyboru nawrócenie na chrześcijaństwo lub śmierć. Jednak rosnące podziały wśród buntowników i uświadomienie sobie wśród szlachty, że aby uniknąć klęski, muszą połączyć siły z rojalistami, stopniowo umożliwiły wojskom lojalnym wobec Karola zdobycie kontroli. Do lutego 1522 r.bunt zakończył się i w następnym roku miały miejsce setki egzekucji, w przeciwieństwie do względnej łagodności w Kastylii, gdzie tylko około 50 osób zostało straconych lub zmarło w więzieniu.
Powrót i ustanowienie siebie
przed opuszczeniem Hiszpanii w 1520 roku Karol obiecał, że powróci w ciągu trzech lat, a następnie uczyni Hiszpanię „podstawą” swojego imperium. Po jego powrocie w lipcu 1522 r. bunty zostały pokonane, ale atmosfera była nadal ponura, a ludność nadal musiała być przekonana, że obcy Król albo wysłucha ich skarg, albo odpowie na ich potrzeby. Następne osiem lat spędził w Hiszpanii i zaczął wypełniać swoją obietnicę, zabezpieczając swoją pozycję, ucząc się języka, rozumiejąc jego zwyczaje i sprawując swój autorytet. Wszystko to nie stało się z dnia na dzień, ale jasno wyraził swoje intencje. Przemawiając do kastylijskich Kortezów wkrótce po jego powrocie powiedział: „wczoraj prosiłem o fundusze, dziś chcę twojej rady”. Zwrócił na to uwagę: „wiecie, że zwyczajem było udzielanie tego (servicio) najpierw; tak było za czasów moich królewskich poprzedników. Dlaczego warto nawiązać ze mną współpracę? A ponieważ wiele zła doprowadziło mnie do tej konieczności, wy, jak dobrzy i lojalni poddani, naprawicie je, wypełniając swój obowiązek, tak jak oczekuję od was”. W marcu 1526 udał się do Sewilli, aby poślubić Eleonorę portugalską. Odwiedzili Kordobę i Granadę przed powrotem do Valladolid, gdzie w maju 1527 Eleonora urodziła następcę, Filipa.
Hiszpania rzeczywiście stała się istotną częścią jego imperium, zapewniając dowódców i żołnierzy dla swoich armii, sprowadzając buliony z Kolonii w obu Amerykach, pozostając silnie katolickim i wykazując większą lojalność niż większość jego innych ziem. W późniejszej części swojego panowania pisał do brata Ferdynanda o problemach finansowych i stwierdził, że „nie mogę być podtrzymywany inaczej, jak tylko przez moje królestwa w Hiszpanii”. Uznał jednak, że nadal istnieją poważne problemy z mówieniem Filipowi, gdy został regentem w 1543, że „będziesz wystarczająco zmartwiony o pieniądze”.i
