opis przypadku
pacjentem była 3-letnia dziewczynka z całkowitą postacią okrężnicy choroby Hirschsprunga . W drugim dniu życia (27 kwietnia 2006 r.) przeprowadzono zabieg chirurgiczny w przypadku niedrożności jelita cienkiego spowodowanej atrezją, polegający na usunięciu 31 cm jelita cienkiego, po którym wykonano ileostomię końcową i kolostomię. Następnie konieczne było całkowite żywienie pozajelitowe. W dniu 25 sierpnia 2006 r., podskórnie wszczepiany port dostępu naczyniowego (Cook Spectrum Central Venous Catheter, Cook Ireland Ltd.) został umieszczony do żywienia pozajelitowego w domu po przypadkowym usunięciu cewnika Nutricath (Vygon, Francja).
cztery miesiące później (w grudniu 2006 r.) zaobserwowano pierwszy epizod septyczny, w którym siedem dodatnich próbek krwi pobrano przez cewnik i z żyły obwodowej. Gorączka ustąpiła natychmiast po rozpoczęciu leczenia przeciwdrobnoustrojowego łączącego wankomycynę (40 mg/kg masy ciała/dobę, 10 dni) i gentamycynę (3 mg/kg masy ciała/dobę, 2 dni). Izolaty krwi zostały po raz pierwszy zidentyfikowane jako Micrococcus spp. wykorzystując rutynowe galerie biochemiczne, a następnie jako Kocuria rhizophila za pomocą narzędzi molekularnych. Następnie obserwowano siedem innych epizodów septycznych u K. rhizophila (dwa w 2007 r., cztery w 2008 r. i jeden w 2009 r.), które ustąpiły po zastosowaniu tej samej terapii przeciwdrobnoustrojowej. Ponieważ założono, że kolonizacja cewnika była przyczyną sepsy, blokuje się Etanol (70% etanolu zaszczepiono do światła cewnika przez 12 godzin, a następnie wycofano z światła cewnika; następnie przeprowadzono izotoniczne płukanie chlorkiem sodu) w cewniku podczas ostatnich czterech epizodów związanych z antybiotykami ogólnoustrojowymi (17). W czasie ostatniego zdarzenia septycznego w 2009 r. wykryto otwór w cewniku i naprawiono go za pomocą specjalnego zestawu naprawczego. Po kwietniu 2009 roku nie zaobserwowano żadnego epizodu septycznego.
w okresie 3 lat (2007-2009) przy użyciu trójwymiarowego systemu BacT/Alert (bioMérieux, Marcy L ’ Etoile, Francja) uzyskano łącznie 22 dodatnie posiewy krwi, z czego 21 próbek Pobrano z cewnika i jedną z żyły obwodowej. Wszystkie kultury dały Gram-dodatnie cocci występujące w parach, tetradach i skupiskach, które wstępnie zidentyfikowano jako gatunki Micrococcus o podstawowych cechach. Kolonie rosły w warunkach tlenowych i wydawały się gładkie i okrągłe z cytrynowo-żółtym odcieniem lub kremowym kolorem na agarze krwi. Izolaty były katalazo-dodatnie, oksydazo-ujemne, wrażliwe na bacytracynę i oporne na furazolidon. Stwierdzono tylko kilka pozytywnych reakcji z gronkowcem ID 32 (bioMérieux), co dało Staphylococcus auricularis ze słabym prawdopodobieństwem 57%. W 2006 i 2007 roku szczep kliniczny uznano za Mikroogniskowy bez innych badań w procesie identyfikacji. W 2008 roku użyliśmy karty Vitek 2 ID-GPC (bioMérieux), która dała Kocuria varians z widocznym „doskonałym” wynikiem zaufania (98%). Wykazał tylko jeden test niezgodnościowy (mocznik), ponieważ okazał się ujemny dla tego gatunku, podczas gdy powinien być pozytywny u 87% izolatów K. varians. Aby wyjaśnić ten niezgodny test i potwierdzić K. varians, użyliśmy analizy genu 16S rRNA. Ekstrakcję DNA i analizę sekwencji genu rRNA 16S przeprowadzono jak wcześniej opisano (16). Zabieg wykonano na 11 izolatach klinicznych: cztery odzyskane w 2006 r., sześć w 2008 r. i jeden w 2009 r. Co zaskakujące, wszystkie uzyskane sekwencje wykazały całkowitą identyczność z sekwencjami K. rhizophila zdeponowanymi w bazie GenBank nucleotide database. Sekwencja genu 16S rRNA izolatu K. rhizophila wykazała podobieństwo 98% (457/466) do genu 16S rRNA szczepu K. rhizophila dc22201 (GenBank accession no. NC010617) i wykazywały podobieństwo do sekwencji 10 innych szczepów K. rhizophila, w tym historycznego szczepu typu Kovacsa K. rhizophila TA68T (GenBank accession no. NR_026452; podobieństwo 99%) i Micrococcus luteus NCTC 2665 (GenBank accession no. NC012803; podobieństwo 93%). Inne gatunki Kocuria wykazywały podobieństwo 451/462 dla kocuria carniphila i 452/467 dla kocuria marina. W końcu i niedawno zastosowaliśmy wspomaganą matrycą laserową jonizację desorpcji-czas lotu spektrometrii mas (MALDI-TOF MS), jak opisano wcześniej (6), potwierdzając szczep Jako K. rhizophila. Profile widmowe czterech izolatów klinicznych były identyczne z profilem widmowym szczepu typu K. rhizophila (Fig. 1) i zupełnie odmienne od profili Kocuria kristinae, Kocuria palustris, Kocuria rosea i Kocuria varians, wszystkie obecne w bazie Andromas. With the disk diffusion method, all the isolates were resistant to ciprofloxacin, intermediate to erythromycin, and susceptible to penicillin, gentamicin, amikacin, tobramycin, tetracycline, vancomycin, and teicoplanin, according to EUCAST breakpoints determined for Staphylococcus spp. since there are not breakpoints available for Kocuria spp. With broth microdilution, MICs were 0.03 mg/liter for penicillin, 0.5 mg/liter for gentamicin, 1 mg/liter for amikacin, 2 mg/liter for tobramycin, 8 mg/liter for ciprofloxacin, 4 mg/liter for erythromycin, 0.125 mg/liter for tetracycline, 0.5 mg/litr wankomycyny i 1 mg / litr teikoplaniny.
profile spektralne MALDI-TOF MS. Cztery pierwsze linie, cztery kliniczne szczepy K. rhizophila izolowane od naszego pacjenta; ostatnia linia, Szczep typu K. rhizophila używany w bazie danych Andromas.
Izolaty kliniczne genotypowanie arbitralnie zagruntowaną techniką PCR wymagało wydłużenia czasu rampy, jak donoszą Ellinghaus et al. (8). Wykonano ją na 9 reprezentatywnych izolatach z ośmiu septycznych epizodów i pokazano ten sam wzór, reprezentujący klonalną K. szczep rhizophila odzyskiwany przez 3 lata (rys. 2).
arbitralnie zagruntowane wzory PCR szczepów K. rhizophila. Pasy: m, Drabina DNA; 1, Szczep typu DSM 11926; 11, k. rhizophila od innego pacjenta (szczepy z pasów 1 i 11 są niezwiązane); 2 i 3, dwa Izolaty z pierwszego odcinka septycznego; 4, izolat z drugiego odcinka; 5, izolat z trzeciego odcinka; 6, izolat z czwartego odcinka; 7, izolat z piątego odcinka; 8, izolat z szóstego odcinka; 9, izolat z siódmego odcinka; 10, izolat z ostatniego odcinka septycznego; 12, kontrola negatywna. Pasy od 2 do 10 mają podobne wzorce, co wskazuje na ten sam szczep.
gatunki mikrokosmos stwierdzono w pyle, glebie, wodzie i pożywieniu oraz na skórze i błonie śluzowej ludzi i zwierząt. Stwierdzono również, że członkowie tych grup gatunków powodują zakażenia, takie jak zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych, zapalenie wsierdzia i zapalenie płuc, szczególnie u pacjentów z obniżoną odpornością oraz zakażenia związane z wszczepionymi lub wprowadzonymi urządzeniami (18, 21, 30). Wśród niedawno utworzonego rodzaju Kocuria udokumentowane przypadki zakażeń u ludzi są ograniczone. Gatunek typowy K. donoszono, że rosea powoduje bakteriemię związaną z cewnikiem (2). Inny przedstawiciel rodzaju, K. kristinae, również został zgłoszony do wywołania bakteriemii związanej z cewnikiem u pacjentów z rakiem jajnika (3) lub ostrym zapaleniem pęcherzyka żółciowego (14). W 2009 roku Lee i wsp.zgłosili dwa przypadki zapalenia otrzewnej wywołanego przez K. marina. (12). Ostatnio, w 2010, Lai et al. (11) zgłoszona bakteremia związana z cewnikiem i zakaźne zapalenie wsierdzia wywołane przez Kocuria Sp., natomiast Tsai et al. (27) zgłoszono zakażenie K. varians związane z ropniem mózgu.
Natomiast K. rhizophila została wyizolowana z żywności, takiej jak ser (7) i mięso z kurczaka (1), według naszej wiedzy, nasz przypadek jest drugim raportem infekcji ludzkiej K. rhizophila po pierwszym opisanym przez Beckera i wsp. w 2008 (4). Chociaż źródło naszego 3-letniego przetrwałego szczepu K. rhizophila było niejasne, możliwe jest, że był on częścią flory skóry pacjenta, kilkakrotnie kolonizując urządzenie wewnątrznaczyniowe. Długotrwałe urządzenie wewnątrznaczyniowe (3 lata) prawdopodobnie stanowiło niszę dla przetrwałego szczepu K. rhizophila, powracającego przez otwór w urządzeniu. Naprawa uszkodzonego urządzenia wydawała się zapobiegać wystąpieniu do tej pory jakichkolwiek nowych epizodów septycznych. Cały personel oddziału często przypomina o ścisłym stosowaniu aseptycznego protokołu postępowania z cewnikiem żylnym centralnym. Obecnie dziecko jest w dobrym zdrowiu i zawsze ma płynne stolce. Żywienie pozajelitowe można zmniejszyć do 5 dni w tygodniu.
ID 3200 nie pozwalało na wiarygodną identyfikację K. rhizophila, ponieważ baza danych tego dostępnego na rynku zestawu diagnostycznego obejmuje tylko ograniczoną liczbę gatunków mikroskrzydłych, nie obejmując ostatnio opisanych gatunków i nie odzwierciedlając taksonomii ustanowionej przez Stackebrandt et al. (23). Karta VITEK 2 ID-GP niejednoznacznie zidentyfikowała kilka gatunków Kocurii (K. varians, K. kristinae i K. rosea), ale nie K. rhizophila. Ponadto błędna identyfikacja gronkowców koagulazo-ujemnych jako Kocurii przy użyciu standardowej analizy biochemicznej systemu Vitek 2 nie jest rzadkością, ze względu na zmienność fenotypową (5). Natomiast zastosowanie analizy genu 16S rRNA lub MALDI-TOF MS było wystarczające do uzyskania dokładnej identyfikacji K. rhizophila.
obecnie dostępnych jest niewiele danych na temat wrażliwości przeciwdrobnoustrojowej Kocuria spp. nie określono dotychczas ogólnie przyjętego schematu leczenia ciężkich zakażeń. W 1995 von Eiff et al. (29) oznaczono Mic kilku leków na 188 szczepach mikrokokalikowych: MIC90s (mg/litr) ryfampicyny, penicyliny, imipenemu, ampicyliny, klindamycyny, cefotaksemu, wankomycyny/teikoplaniny i gentamycyny odpowiednio ≤0,031, 0.125, 0.125, 0.25, 0.25, 1, 1/1, i 1, Podczas gdy MIC90s amikacyny, erytromycyny, fosfomycyny i kwasu fusydowego wynosiły >2 mg / litr. W naszym przypadku szczep był podatny na wankomycynę i gentamycynę, a połączenie tych dwóch leków zawsze pozwalało na sterylizację kultur krwi.
podsumowując, jeśli organizm przypominający mikrokoki jest wielokrotnie izolowany z kultur krwi, ważne jest stosowanie środków innych niż rutynowe systemy biochemiczne, takie jak sekwencjonowanie genu 16S rRNA lub MALDI-TOF MS, w celu uzyskania dokładnej identyfikacji gatunku. Zaleca się również dokładną weryfikację integralności długotrwałych urządzeń wewnątrznaczyniowych i naprawę uszkodzeń linii centralnych przed koniecznością usunięcia.
Sekwencja genu 16S rRNA izolatu K. rhizophila została przedłożona GenBank pod numerem jq272742.
