sekwencje całego genomu pięciu szczepów Kocuria rosea, Nctc2676, NCTC7514, Nctc7512, NCTC7528 i NCTC7511

Ogłoszenie

KOCURIA rosea to nie-ZARODNIOTWÓRCZA, tlenowa, OKSYDAZO-ujemna, KATALAZO-dodatnia, Gram-dodatnia bakteria kokkoidalna, która rośnie jako okrągłe, gładkie, różowawe kolonie na agarze odżywczym. Organizm ten jest tradycyjnie nazywany saprofitem i powszechnie występuje w środowisku naturalnym (gleba, woda i powietrze) (1). K. rosea jest również komensalem ludzkiej skóry i gardła i bardzo rzadko jest ludzkim patogenem, chociaż z powodu potencjalnej błędnej identyfikacji i mikrokoków uważanych za zanieczyszczenia, jego rola w infekcji może być niedoceniana (2). K. rosea został opisany jako patogen oportunistyczny; wiadomo, że powoduje chorobę związaną z wyrobem medycznym u immunokompetentnych i u osób z chorobami zasadniczymi, i został zaangażowany w izolowanych przypadkach infekcji dróg moczowych, bakteriemię, zapalenie wsierdzia i zapalenie otrzewnej u osób poddawanych dializie otrzewnowej (3-6). Fenotypowe i biochemiczne techniki identyfikacji może nie prawidłowo zidentyfikować K. rosea, i metody identyfikacji oparte na genomie mogą być wymagane do budowania pełniejszego obrazu choroby spowodowanej przez ten organizm (2). Obecnie dla szczepów K. rosea dostępne są tylko trzy sekwencje genomu draft. Tutaj, zgłaszamy dodatkowe sekwencje genomu pięciu szczepów zdeponowanych w National Collection of Type Cultures (NCTC). Trzy z tych genomów zostały połączone w jeden contig.

ze względu na historyczny charakter sekwencjonowanych w tym badaniu szczepów dostępność metadanych jest ograniczona. Zapisy NCTC podkreślają, że wszystkie pięć szczepów zostało wyizolowanych przed 1949 rokiem. W szczególności wszystkie z nich są wymienione w badaniu przeprowadzonym w NCTC pod koniec lat 40., którego celem było dostarczenie wszechobecnego użytecznego systemu klasyfikacji tlenowych katalazo-dodatnich Gram-dodatnich cocci poprzez zbadanie 431 szczepów pod kątem cech morfologicznych, cech biochemicznych i wrażliwości na dwa bakteriofagi (7). Wiadomo również, że NCTC7512, NCTC7514 i NCTC7528 były kiedyś częścią kolekcji Kral, jednej z pierwszych na świecie kolekcji Kultury mikrobiologicznej, która działała od 1890 do 1911 roku.

pięć szczepów NCTC odzyskano z liofilizowanych ampułek, hodowano na agarze odżywczym i inkubowano w temperaturze 37 ° C przez 48 godzin. genomowy DNA ekstrahowano z czystych kultur za pomocą zestawu QIAGEN midi i końcówki genomowej 100 / G (Manchester, Wielka Brytania). Sekwencjonowanie całego genomu (WGS) przeprowadzono przy użyciu platformy Pacific Biosciences (PacBio) RS II. DNA ścięto do 15 kb, a następnie przygotowano bibliotekę 10 kb do 20 kb i uporządkowano z wykorzystaniem chemii C4 / P6.

odczyty sekwencji zostały zmontowane przy użyciu HGAP v3 oprogramowania do analizy SMRT v2.3.0 (8). Zasięg zagięcia do celu przy wyborze minimalnej długości fragmentu do montażu ustalono na 30, a przybliżoną wielkość genomu ustalono na 3 Mbp. Zespół był obiegowy za pomocą Circlator v1.1.3 (9). Wreszcie, zespół kołowy został wypolerowany przy użyciu protokołu PacBio Rs_resequencing i Quiver v1 oprogramowania do analizy SMRT v2. 3. 0. Automatyczna adnotacja została wykonana przy użyciu Prokka v1. 5 i specyficznej dla rodzaju bazy danych z RefSeq (10). Podsumowanie statystyk genomów pięciu szczepów przedstawiono w tabeli 1.