Harvard Medical School
Department of Biological Chemistry and Molecular Pharmacology (BCMP)
240 Longwood Ave., Budynek C2, pokoje 315-325
02115
molekularne mechanizmy regulacji transkrypcji są silnie zachowane u eukariotów. Regulacja transkrypcji w odpowiedzi na sygnały środowiskowe i rozwojowe jest pośredniczona przez kombinatoryczne i synergiczne działanie specyficznych aktywatorów i represji wiążących DNA na komponenty ogólnej maszyny transkrypcyjnej i aktywności modyfikującej chromatynę.
wiele prac w tym laboratorium łączy genetyczne, molekularne i genomowe podejścia dostępne w drożdżach, aby rozwiązać podstawowe pytania dotyczące transkrypcyjnych mechanizmów regulacyjnych w żywych komórkach. Obecne projekty obejmują 1) eksperymenty genetyczne w celu przetestowania naszego trójstopniowego modelu pozycjonowania nukleosomów; 2) systematyczna analiza ogólnych czynników transkrypcyjnych biorących udział w inicjacji przy użyciu systemu anchor-away; 3) badanie czynników biorących udział w elongacji i wyczerpaniu nukleosomów na końcach 3′; 4) wykorzystanie bezpośredniego sekwencjonowania RNA, szeroka analiza okresu półtrwania mRNA i tworzenia 3′-końca, 5) zastosowanie funkcjonalnego podejścia ewolucyjnego do zrozumienia roli różnych transkryptów, jak również specyficznych składników transcriptional co-activator and co-repressor complexes and activator and repressor binding sites mediating environmental responses.
transcriptional regulatory circuits involved in cell transformation are fundamental importance and oczywiscie directly relevant to cancer. Używamy dwóch modeli izogenicznych (komórek piersi i fibroblastów) ludzkiego raka, aby wyjaśnić transkrypcyjne obwody regulacyjne zaangażowane w proces transformacji komórkowej. Wiąże się to z mechanistycznymi eksperymentami na zapalnej pętli sprzężenia zwrotnego i powiązanych aspektach procesu transformacji komórkowej; profile całego genomu mRNA, mikroRNA i miejsc wiążących czynnik transkrypcyjny w celu zapewnienia zintegrowanego obrazu transformacji komórkowej oraz identyfikacji genów, mikroRNA i szlaków regulacyjnych zaangażowanych w generowanie nowotworowych komórek macierzystych i mammosfery. Projekty obejmują 1) profilowanie mRNA, miRNA i linc RNA sfer vs. komórek nowotworowych w różnych typach komórek nowotworowych; 2) profilowanie rybosomów podczas transformacji komórkowej; i 3) eksperymenty ChIP-Seq na dużą skalę w celu określenia roli czynników transkrypcyjnych w transformacji. Wreszcie, po odkryciu, że lek na cukrzycę metformina selektywnie zabija komórki macierzyste raka, badamy mechanizm działania metforminy i jej potencjał w zapobieganiu i leczeniu raka.
